辛亥革命时，参加进攻武汉。民国建立，改称第四师第七旅旅长，1913年进兵上海镇压“二次革命“，任吴淞要塞司令。
在刘冠雄的推荐下，李厚基在1913年11月29日被袁世凯任命为福建镇守使。1914年7月18日改称福建护军使，督理福建军务。1915年12月12日，袁世凯复辟称帝。李厚基因“劝进”有功被袁世凯封为一等子爵。
12月25日，蔡锷、唐继尧在云南宣布独立，组织护国军，讨伐袁世凯。贵州、广东、广西等先后响应，宣布独立。福建紧邻广东，成了前线。
袁世凯为了收买人心，于1916年3月21日封李厚基为建武将军，督理福建军务，李厚基为此感激涕零，更加死心塌地为哀世凯卖命。袁世凯死后，皖系段棋瑞掌握中央政权，李厚基投靠了皖系。
段祺瑞在1916年7月6日任命李厚基为福建督军，实授陆军上将。由于他是北洋的人，对中央一直中规中矩，所以无论是北洋的人还是南方民党都没有动他。
柿子还是要挑软的捏，冯庸看准了福建的李厚基人老实，属于外来的，所以在福建根基不太稳，所以没把他放在心上，谁知在后面吃了个大亏。
“这个土匪，还真是不见兔子不撒鹰，居然威胁我，简直是无法无天，算了，他要福建就给他福建吧！南方的陆荣廷正蠢蠢欲动，让他过去正好跟陆荣廷狗咬狗！”
段祺瑞收到冯德麟的电报之后，虽然生气，作为中华民国的总理，又是北洋军阀的首脑人物，不敢说举国独尊，那也是无人能及吧！
一个胡子、土匪出身的家伙都敢威胁他了，翻了天了。但是他也蛮睿智的，作为混迹政军两界多年的老油条，又怎么会被个人情绪所掌握呢！
苦于自己手头没有兵，总不能单打独斗吧！虽然张勋的5000“辫子军”训练差、武器差，换做北洋军来，一个团就足够击溃他了，可是现在不是没有吗？只能无奈的接受冯德麟的条件，委任冯德麟为福建督军，统管全省军政事务。
这边坐等冯德麟救驾的段祺瑞却被黎元洪的一封通电打破了计划，7月2日，黎元洪通电住在南京的副总统冯国璋代任总统职务，逃到东交民巷日本使馆区避难。
段祺瑞也不敢在端坐钓鱼台了，省得桃子都被别人摘走了，于是便星夜逃离京城，次日，段祺瑞便在天津发表讨张的通电和檄文，组织起讨逆军，自任讨逆军总司令，北洋旧部纷纷响应，短短时间便招募了八千人，准备同张勋开战。
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