冰岛临时医疗点，戴维·金向陆沉透露“盘古”海底基地位于马里亚纳海沟挑战者深渊上方三千米，伪装成废弃深海探测站，内藏“女娲”病毒原始株，核心区“生死锁”需他与“衔尾蛇”基因双重验证，且只有他知晓灭活流程。苏晴核实基地背景，陈默汇报“探索者号”潜水器及“蛟龙”分队已到位。
三日后，“探索者号”下潜至三千米处对接基地。进入后，张毅检测到空气含病毒气溶胶，众人紧急佩戴防毒面具。苏晴试图远程调取“衔尾蛇”基因序列伪造密钥时，基地启动防御系统释放神经毒气，众人退守负压安全舱。
安全舱仅能支撑一小时，且基地因水压开始变形。苏晴加速匹配基因位点，张毅注入抑制剂延缓菌株增殖。密钥生成后，戴维·金启动灭火程序，陈默炸开安全舱门。撤离时戴维·金冒险取出“净化计划”数据硬盘，众人在基地爆炸前逃回潜水器。
浮出海面后，戴维·金获刑二十年并协助研究。此时苏晴收到匿名信息，称“盘古”火种未灭。经定位，信号源自亚马逊雨林，总部调来当地向导埃琳娜。埃琳娜告知“盘古”占据玛雅古金字塔，用精神药物控制部落，计划借祭祀将病毒混入水源。
众人随埃琳娜穿越毒蛇谷、食人蚁沼泽，潜入金字塔附近。截获“盘古”通讯得知其“火种计划”后，连夜潜入金字塔。面对被洗脑的部落居民，苏晴投射病毒危害动画，埃琳娜出示圣物佐证，部落首领幡然醒悟。陆沉制服“盘古”首领，在部落协助下捣毁据点。
离别时，埃琳娜赠送信物并警示众人提防“盘古”的“祝融”，新的战斗已在非洲酝酿。
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