尽管庙子沟遗址是一个相对完整的文明，然而考古学者却发现了一个令人费解的现象。曾经主持庙子沟考古发掘的魏坚在发掘中发现，庙子沟遗址及周边并未发现墓地，所有的埋葬都在居住址内的窖穴、灶坑以及居住面上，长方形坑内常有多人合葬的现象，有的合葬墓内尸骨摆放整齐，有的杂乱无章，这样的尸骨摆放方式，显然不符合常理。
大量的遗物、遗迹表明，庙子沟原始聚落极有可能在一场突发性灾难中毁于一旦。根据魏坚的描述，有一处多人合葬的墓，尸骨杂乱地堆放在一起，直观上看就是匆匆忙忙扔进去的，据此，对于造成此种现象的原因，魏坚推测，遗址中既没有水灾的痕迹，也没有被火烧过的印记。在排除水灾和火灾的可能性后，魏坚想到了部落战争以及地震、雷雨等天灾人祸？但尸骨经过鉴定没有任何砍杀伤。另外，遗址的所有房址里，有一半的房址没有器物、没有人骨。有人骨的窖穴、灶坑以及居住面，生产和生活工具齐全，而没有人骨的房址里，也没有生产和生活用具。在这种情形下，一个科学的推断是：当时还活着的人将死者匆匆埋葬，带着生产生活用具进行了迁移，这个现象证明当时当地发生了大规模的瘟疫。
魏坚推测发生的瘟疫可能为鼠疫。可能是一场鼠疫导致庙子沟原始聚落突然毁灭和消失。他说，在尸骨的底部可见很多鼠洞，尸骨的残缺部分被老鼠拖进了鼠洞。曾经生活在庙子沟原始聚落的古人在给后人留下了一个完整的生活场景后，就这样突然消失了。”
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