同时，张廷玉还制定了军机处的档案管理制度。军机处每日处理的奏折、诏令、军报等文件，都由军机章京分类整理，装订成册，妥善保管，形成了一套完整的档案体系。这些档案不仅为皇帝查阅过往事务提供了便利，也为后世研究大清历史留下了宝贵的资料。雍正对张廷玉的工作极为满意，曾称赞道：“张廷玉为人端方，办事勤勉，自入军机处以来，夙夜匪懈，屡克难关，为朕分劳不少。有张廷玉在，朕可高枕无忧矣。”
军机处的高效运转，很快便在处理西北军务中显现出巨大优势。雍正九年，清军与准噶尔军在和通泊展开激战，清军初战失利。军报传到京城后，雍正立即在军机处召见胤祥、张廷玉等军机大臣，商议对策。军机大臣们根据皇帝的旨意，迅速拟定诏令，调整兵力部署，调配军需物资，命令北路军坚守阵地，南路军迂回包抄，同时传旨各地督抚，筹集粮草，支援前线。由于指令传达迅速，部署得当，清军很快稳住了阵脚，避免了更大的失败。
雍正十年，清军在光显寺大败准噶尔军，噶尔丹策零被迫遣使求和。捷报传到京城，雍正欣喜若狂，在军机处宴请军机大臣，庆祝胜利。席间，雍正感慨道：“昔年处理军务，议政王大臣会议争论数日不决，内阁票拟拖延日久，如今有了军机处，朕的旨意当日便可传达到前线，军务处理事半功倍。军机处之设，实乃大清之幸！”
除了处理军务，军机处在整顿吏治、推行新政等方面也发挥了重要作用。雍正年间，大规模的清查亏空、推行“耗羡归公”“摊丁入亩”“改土归流”等新政，都由军机处统筹规划，拟定方案，传达诏令，监督执行。军机大臣们根据皇帝的旨意，深入各地调研，了解新政推行过程中遇到的问题，及时向皇帝汇报，并提出解决方案，确保了新政的顺利推行。
例如，在推行“改土归流”政策时，西南地区的土司势力顽固抵抗，局势复杂。军机处根据雍正的旨意，制定了“恩威并施、分步推进”的策略，一方面命令清军做好军事准备，对顽固抵抗的土司予以坚决打击；另一方面，派遣官员深入土司地区，宣传新政的好处，对愿意归顺的土司予以优厚待遇。同时，军机处不断收到前方军报和官员奏报，及时调整策略，最终成功推行了“改土归流”，加强了中央政府对西南地区的管辖。
军机处的设立，虽然极大地加强了皇权，提高了办事效率，但也带来了一些问题。由于军机处的权力过大，且完全依附于皇帝，一旦皇帝决策失误，很难得到纠正；同时，军机大臣和军机章京长期处于高强度的工作状态，身心俱疲。雍正深知这一点，因此对军机大臣的选拔和任用极为严格，既要求他们有卓越的才能，又要求他们有忠诚的品格。同时，他也会定期召见军机大臣，了解他们的工作和生活情况，对表现优秀的予以嘉奖，对出现失误的予以批评教育。
雍正十三年，雍正帝在圆明园猝然驾崩。临终前，他留下遗诏，命张廷玉、鄂尔泰等军机大臣辅佐新君乾隆帝弘历。乾隆帝继位后，对军机处进行了进一步的完善和发展，明确了军机处的地位和职权，使其成为大清帝国不可或缺的权力中枢。军机处一直存在到宣统三年，随着辛亥革命的爆发，清王朝灭亡，军机处才正式退出历史舞台。
回望雍正年间军机处的设立和发展，它不仅是大清帝国权力中枢的一次重大变革，也是中国古代皇权制度发展到顶峰的重要标志。军机处的设立，打破了旧有的权力格局，消除了宗室王公、内阁等对皇权的制约，使雍正帝真正实现了“乾纲独断”，将皇权牢牢掌握在自己手中。同时，军机处高效、保密的办事模式，也为处理军国大政提供了有力保障，对大清帝国的稳定和发展产生了深远影响。
雍正帝通过设立军机处，完成了对权力中枢的彻底掌控，为他推行一系列新政、巩固统治奠定了坚实的基础。他用自己的智慧和决断，在中国古代历史上留下了浓墨重彩的一笔，也让“雍正”这个名字，与军机处紧密相连，成为了皇权高度集中的象征。
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