在蒙古诸部聚居区，青海办事大臣推行“盟旗制度”，将青海蒙古诸部分为二十九旗，每旗设札萨克一人，由清廷册封，旗与旗之间划定边界，严禁相互攻伐、兼并。同时，设立“蒙古盟会”，每年由青海办事大臣召集各旗札萨克，商议青海蒙古事务，传达清廷政令，加强各旗之间的联系与合作。
额尔德尼郡王的部落，被划分为和硕特前旗，他仍担任札萨克。在清廷的治理下，部落百姓无需再参与叛乱，安心从事畜牧业生产，生活逐渐好转。额尔德尼感慨道：“以前，我们相互攻伐，百姓流离失所；如今，有朝廷管辖，各旗和平相处，百姓安居乐业，我终于明白，设府置厅，是朝廷的恩典啊！”
对于藏族聚居区，清廷采取“府卫分治”的策略。在藏族人口较多的贵德、循化等地，设立贵德卫、循化厅，委派流官治理，同时保留藏族部落头人的权力，让其协助流官管理部落事务。青海办事大臣定期派遣官员，前往藏族部落，宣传清廷的民族政策，传授汉族先进的农业生产技术，帮助藏族百姓开垦荒地、兴修水利，提高粮食产量。
塔尔寺作为青海最大的藏传佛教寺庙，清廷予以重点保护。年羹尧下令，拨款修缮塔尔寺，赏赐活佛大量金银、绸缎，同时规定，塔尔寺的僧人数量不得超过三千人，僧人需登记造册，接受官府管理，不得干预政务、私藏武器。活佛为报答清廷恩典，亲自宣讲清廷的善政，劝说藏族百姓服从官府管辖，促进了民族融合。
为了加强边防建设，清廷在青海边境地区设立了一系列卫所和驿站。大通卫、安西卫等卫所，驻扎清军，负责防守边境，防止准噶尔部入侵；从西宁到青海湖、柴达木盆地等地，设立了数十个驿站，一方面传递公文、军报，另一方面为往来官员、商旅提供便利，促进了青海与内地的联系与交流。
同时，清廷在青海推行屯田政策。年羹尧组织清军士兵与内地移民，在西宁周边、大通河畔等地，开垦荒地数万亩，种植小麦、青稞等粮食作物。屯田士兵实行“兵农结合”，平时耕种，战时出征，既解决了清军的粮草供应问题，又促进了青海农业的发展。内地移民带来了先进的农业生产技术，与蒙古、藏族百姓相互学习，共同发展，推动了青海经济的繁荣。
雍正三年，年羹尧因居功自傲被革职，岳钟琪接任川陕总督，兼管青海事务。岳钟琪继承了年羹尧的治理方略，进一步完善青海的行政制度，加强对蒙古、藏族部落的管理，同时加大对青海经济文化的建设力度。他下令，在西宁设立书院，聘请汉族文人任教，教授汉文化，鼓励蒙古、藏族子弟入学读书，培养了一批熟悉汉文化的民族人才；在青海各地开设集市，促进青海与内地的贸易往来，食盐、茶叶、丝绸等商品在青海广泛流通，带动了青海手工业和商业的发展。
然而，青海的治理并非一帆风顺。雍正四年，青海西部的藏族部落首领察罕诺门汗，因不满清廷的管辖，暗中勾结准噶尔部，发动叛乱，围攻循化厅。岳钟琪得知消息后，立刻调集清军，前往平叛。他采取“速战速决”的策略，迅速击溃叛军，活捉察罕诺门汗，将其押解至京，依法处置。
平定叛乱后，岳钟琪进一步加强对青海西部的管辖，设立茫崖卫，委派流官治理，同时安抚被迫从叛的藏族百姓，归还其财产，减免赋税，让青海西部的局势迅速稳定下来。此后，青海各地虽偶有小规模的骚乱，但均被清廷迅速平定，再也没有发生大规模的叛乱。
到雍正末年，青海的行政体系已趋于完善，西宁府下辖三县四卫，青海办事大臣统筹全局，蒙古盟旗、藏族部落各司其职，政令畅通，民心安定。青海的经济得到了快速发展，农业、畜牧业、手工业、商业齐头并进，各族百姓安居乐业，民族融合达到了前所未有的高度。青海不再是“叛乱之地”，而是成为西北边疆的稳定屏障，成为大清领土不可分割的重要组成部分。
乾隆帝继位后，继续加强对青海的管辖，将青海办事大臣改为青海总督，进一步扩大西宁府的管辖范围，完善盟旗制度和民族政策。在清廷的持续治理下，青海迎来了长期的稳定与繁荣，成为康乾盛世时期西北边疆治理的典范。
回望雍正朝对青海的治理，设府置厅、推行流官制度，是其中最关键的举措。它彻底改变了青海长期以来“自治不治”的局面，将青海纳入中央政府的直接管辖版图，维护了国家的统一和领土完整；怀柔施治、尊重民族习俗的政策，赢得了各族百姓的信任与支持，促进了民族融合；发展经济、加强边防的举措，巩固了青海的稳定，为西北边疆的安全奠定了坚实基础。
雍正帝通过加强青海管辖，展现了他的雄才大略和维护国家统一的决心；年羹尧、岳钟琪等将领，以及沈廷正等地方官员，以务实的精神和爱民的情怀，投身于青海的治理事业，为青海的稳定与发展立下了赫赫功绩。他们的努力，不仅改变了青海的历史进程，也为中国古代边疆治理提供了成功的经验，成为康乾盛世的重要组成部分，永载史册。
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