同时，清军在伊犁设立临时军政机构，派遣官员管理伊犁的军政事务，清查户口、登记造册，安抚牧民，发放粮食、衣物、牛羊等物资，帮助牧民恢复生产生活。此外，清军还加强了伊犁的军事防御，部署兵力驻守伊犁各地，防范残余叛乱势力的反扑，为后续彻底平定准噶尔残余势力奠定了基础。
乾隆帝得知平定达瓦齐叛乱的捷报后，龙颜大悦，下令在北京举行盛大的庆功仪式，表彰班第、阿睦尔撒纳、萨喇尔等将领的功绩，同时下令将达瓦齐押解至北京，赦免其死罪，封为亲王，安置在北京，以示清廷的宽宏大量。
四、再靖边尘：肃清阿睦尔撒纳叛乱（1756年-1757年）
平定达瓦齐叛乱后，清廷以为西北边患已除，于是下令班第率领少量兵力留守伊犁，主力大军撤回内地。然而，乾隆帝万万没有想到，曾经归附清廷、协助清廷平定达瓦齐的阿睦尔撒纳，早已心怀异心，企图借助清廷的力量夺取准噶尔汗位，随后摆脱清廷的控制，重建准噶尔汗国。
阿睦尔撒纳叛乱，伊犁失守
阿睦尔撒纳归附清廷，并非真心归顺，而是想利用清廷的军事力量消灭达瓦齐，然后凭借自己的影响力，成为准噶尔部的最高首领，实现其割据西域的野心。平定达瓦齐叛乱后，阿睦尔撒纳见清廷主力大军撤回内地，伊犁防守空虚，于是开始策划叛乱。
他首先拒绝按照清廷的旨意，前往北京朝见乾隆帝，借口“安抚准噶尔部众、防范残余叛乱势力”，滞留伊犁，暗中联络准噶尔部的反对势力，积蓄力量。随后，他伪造清廷圣旨，宣称清廷要消灭准噶尔部，煽动准噶尔部众反清，同时杀害了清廷派驻伊犁的官员，夺取了伊犁的军政大权。
乾隆二十一年（1756年）正月，阿睦尔撒纳正式发动叛乱，率领叛军进攻清廷留守伊犁的军队。此时，班第率领的留守军队仅有数千人，面对阿睦尔撒纳的数万叛军，寡不敌众，被迫突围。班第在突围过程中，遭遇叛军伏击，力战不敌，自杀殉国；萨喇尔等将领被俘，伊犁再次落入叛乱势力手中。
阿睦尔撒纳发动叛乱后，迅速控制了天山北路的大部分地区，许多原本归附清廷的准噶尔部众，在其煽动下，纷纷倒戈反清，西北边境局势再次陷入混乱。
清廷再次出兵，围剿叛军
乾隆帝得知阿睦尔撒纳发动叛乱、伊犁失守的消息后，震怒不已，他没想到自己的宽容与信任，竟换来阿睦尔撒纳的背叛。乾隆帝当即下令，撤销此前对阿睦尔撒纳的一切封号与任命，派遣大军再次西征，围剿阿睦尔撒纳的叛乱势力，彻底平定叛乱，收复伊犁。
此次西征，乾隆帝任命策楞为定西将军，玉保为定边右副将军，率领大军从巴里坤出发，进军伊犁；同时，任命哈达哈为定北将军，率领北路大军从乌里雅苏台出发，配合西路大军作战。乾隆帝严令大军，此次出兵，务必“除恶务尽”，对阿睦尔撒纳的叛乱势力坚决镇压，绝不姑息，同时要加强对归附部众的安抚，防止其再次倒戈。
然而，由于阿睦尔撒纳的叛军熟悉西域地理环境，且采取“打游击战”的方式，四处逃窜，清军大军进军途中，多次遭遇叛军伏击，进展缓慢。加之策楞、玉保等将领指挥不力，犹豫不决，未能及时抓住战机，导致清军多次错失歼灭叛军主力的机会，阿睦尔撒纳的叛乱势力得以继续蔓延。
乾隆帝得知清军进军受阻的消息后，极为不满，下令撤销策楞、玉保的职务，任命达尔党阿为定西将军，兆惠为定边右副将军，重新组织大军，围剿叛军。兆惠是清廷着名将领，作战英勇、指挥果断，他接任后，迅速调整作战策略，不再急于追击叛军主力，而是先安抚准噶尔降部，稳定后方，收集粮草物资，逐步压缩叛军的活动范围。
兆惠挂帅，平定叛乱
兆惠接任定边右副将军后，率领清军稳步推进，首先收复了巴里坤、乌鲁木齐等地，安抚了当地的准噶尔部众，建立了稳固的后方基地。随后，兆惠分兵两路，一路由自己率领，向伊犁进军；另一路由富德率领，追击阿睦尔撒纳的残余势力。
乾隆二十二年（1757年）春，兆惠率领清军抵达伊犁，此时阿睦尔撒纳的叛军早已人心涣散，许多叛军士兵在清军的强大攻势下，纷纷投降。阿睦尔撒纳见大势已去，只得率领少数亲信，再次突围逃窜，前往哈萨克斯坦，寻求哈萨克部族的庇护。
兆惠得知阿睦尔撒纳逃窜至哈萨克斯坦后，当即派遣富德率领清军，前往哈萨克斯坦追击。富德率领清军进入哈萨克斯坦后，与哈萨克部族展开交涉，要求其交出阿睦尔撒纳。哈萨克部族首领阿布赉，原本与阿睦尔撒纳相互勾结，但面对清军的强大军事压力，最终选择归附清廷，答应交出阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳见哈萨克部族出卖自己，被迫再次逃窜，企图前往沙俄寻求庇护。然而，此时的阿睦尔撒纳，早已众叛亲离，身边仅有数名亲信，在逃窜途中，不幸感染天花，病逝于沙俄境内的托博尔河沿岸。随后，沙俄将阿睦尔撒纳的尸体交给清廷，以示友好。
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