承平十二年，夏秋之交，南京“端阳之辩”的余波如同投入池塘的巨石，涟漪持续扩散，不仅震荡江南士林，更波及朝堂、地方乃至宫廷。新旧思想的公开对峙与陆沉看似调和、实则为新学张目的总结，让保守派感到了前所未有的危机，也让锐意革新的年轻力量备受鼓舞。如何驾驭这股汹涌的思想暗流，防止其撕裂朝堂、冲击社会秩序，成为萧云凰必须面对的紧迫课题。
六月初的朝会上，以都察院右都御史周延儒（周崇礼门生）、礼部侍郎吴道南（与江南理学世家联姻）为首的保守派官员，率先发难。他们并未直接攻击格物新政，而是以“端阳之辩”中部分年轻学子的“狂悖之言”为由头，将矛头指向了教育领域。
周延儒手持奏本，声情并茂：“陛下！南京国子监之事，绝非孤例。臣闻近来各地书院，尤其是私设讲坛，多有年轻士子不务正业，轻视经史，终日谈论所谓‘实学’、‘格物’，更有甚者，妄议朝政，质疑纲常，言语间颇有离经叛道、以夷变夏之嫌！此风若长，必致圣学衰微，士心涣散，动摇国本！臣恳请陛下，严旨申饬，整顿学风，明令各级官学、书院，必以经义为根本，严禁聚众辩论非圣之言，并加强对民间私刻书籍、小报之审查，以正视听！”
吴道南紧随其后，补充道：“陛下，臣以为，此等乱象，根源在于取士标准有所偏颇。‘格物科’虽为选拔专才之补充，然近年来，其录取人数渐增，考核内容过于侧重算术、格物，对经义要求偏低。这无异于向天下士子昭示：不通经义亦可为官！长此以往，谁还肯寒窗苦读圣贤书？士风焉能不坏？臣请陛下，重新审议‘格物科’取士比例及考核标准，务必确保经义之根本地位！”
这番话绵里藏针，既攻击了新学传播的阵地（书院、出版），又试图釜底抽薪，通过调整科举这根指挥棒来压制新学势力的上升通道。
支持新学的官员，如徐光启、工部尚书等，自然出言反驳。徐光启道：“周大人、吴大人言重了！年轻学子求知若渴，讨论时务，纵有言辞偏激，亦是忧国之心，加以引导即可，何须严惩？至于‘格物科’，选拔的是通晓实务、能造器利国之专才，与经义取士并行不悖，各有侧重，正可补传统取士之不足。若因噎废食，恐寒天下专才之心，于国不利！”
双方在朝堂上争执不下，引经据典，互相指责。许多中立官员则保持沉默，静观风向。
萧云凰端坐龙椅之上，面色平静地听着，直到争论稍歇，才缓缓开口，声音清冷：“诸卿所言，朕已明了。年轻士子，血气方刚，言辞或有不当，然其心可悯。传旨南京国子监及各地学政：学子讲论学问，当以平和持正为本，可探讨实务，但不得攻讦圣学、妄议朝政根本。各地讲坛、私会，需向官府报备，讲习内容不得违律。此乃定规，非为禁言，实为导其于正途。”
这番话，既回应了保守派整顿学风的要求，又未采取“严禁辩论”的极端措施，而是设定了“不得攻讦圣学、妄议朝政根本”的红线，为学术讨论保留了空间，同时要求“报备”，加强了管理。
紧接着，她话锋一转，针对科举问题：“至于取士之制，‘格物科’确为选拔专才之途，不可或缺。然吴爱卿所言亦不无道理，取士当重根本。这样吧，着礼部、内阁会同百工院，重新议定‘格物科’考核细则。今后，‘格物科’考生，除考校算学、格物专长外，需加试《四书》一经，并作‘时务策’一篇，重点考察其如何运用专长解决实际国计民生问题。经义不必如进士科那般精深，但需通晓大义；时务策则需言之有物，结合其专学。如此，既保专才之‘专’，亦顾士子之‘本’，更重其实用之‘能’。诸卿以为如何？”
这个方案，堪称平衡术的典范。它没有削减“格物科”的规模和重要性，反而通过加试经义和时务策，抬高了其考核的综合性与权威性，使其不再是“不通经义者的捷径”，而成为真正的“高级专才”选拔通道。这既安抚了保守派关于“不重根本”的担忧（加了经义），又符合革新派选拔实用人才的需求（强调时务应用），还堵住了那些只想靠一点技术皮毛投机者的路。更重要的是，将“时务策”与专长结合的要求，本身就是对新学“经世致用”理念的制度化肯定。
朝堂上一片寂静，无论是保守派还是革新派，一时都难以找出反对的理由。周延儒、吴道南张了张嘴，最终也只能躬身道：“陛下圣虑周全，臣等遵旨。”
朝堂上的争论暂时平息，但萧云凰深知，真正的思想交锋在民间。她采纳了陆沉之前的建议，并加以深化，开始对“思想市场”进行精妙的“宏观调控”。
1. 树立官方标杆，引导议题。 七月初，由翰林院牵头、百工院及国子监精英参与编纂的《承平经世文编》第一辑正式刊行。这部文集并非单纯的学术着作，而是精心筛选、注释、汇编了历代及本朝有关“经世致用”、“变法图强”、“重视实学”的经典文章、奏疏、言论，从贾谊、晁错、王安石、张居正等人的论述，到本朝徐光启、李之藻等人的奏章，乃至陆沉一些公开讲话的整理稿。编纂者在每篇文章前都加了精短的“编者按”，着重阐发其“不泥古而通变”、“重实务而利民”的精神。这部书被迅速颁行各级官学、书院，并鼓励民间翻刻，明确将其定位为“士子关心国事、讲求实学之必读”。这等于官方为“新学”或“经世实学”提供了正统的思想谱系和历史依据，将其纳入主流话语体系，极大地增强了其合法性和说服力。
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