岛津齐兴第一时间派人与天皇联系，提议大政奉还，也就是说，将将军的权利转交给天皇，让天皇掌握实权。早就心有不甘的仁孝天皇自然是欣然接受了这个建议，并按照岛津齐兴的建议给了一份密诏，密诏内容就更加严苛了一些，不仅要求大政奉还，还要求武力讨伐德川幕府。
新生的岛津齐兴通晓历史，知道一切的言语都是无用的，最终还是要武力解决问题。因此，干脆放弃了与幕府虚与委蛇的和谈。
接到密诏的岛津齐兴，悄悄地下令一直两千人的先遣军进入京都，首要目标自然是保护天皇，另一方面也是杜绝给幕府重新掌控天皇的机会。
与此同时，岛津齐兴已经于另一强藩长州藩取得了联系。长州藩相比起萨摩藩，距离京都更近，且由于历史上的原因，其陆军原本还是强过萨摩藩的。在原本历史上，萨摩藩基本掌握了明治政府的海军部，长州藩则基本掌控了陆军部，就是双方实力的体现。此时的长州藩，由于发展较短的原因，经济实力不强，但是军队的战斗力已然不弱，且由于与幕府一向不和，算是萨摩藩的天然盟友。
果然，一方面是萨摩藩的金钱攻势，另一方面，是共同的敌人，两个强藩终于联盟起来。由于长州藩位于本州岛西北，更加接近京都，所以长州藩的一千五百名士兵也迅速抵达京都。虽然由于没钱的缘故，长州藩军队装备比不上萨摩藩，但是从战斗素养与士气上讲，长州藩却是超过萨摩藩。
由于长州藩的参和，倒幕派在京都方面的军事力量占据了上风。
德川家齐怎会甘心失败？发出《讨萨表》，以清君侧为名向倒幕派宣战，迅速筹措了幕府军大约一万五千人，其中既有幕府军，也有佐幕各藩的军队，开始由大阪出发进军京都。
萨摩藩也不甘示弱，在多番合纵连横之后，又拉出了好几个盟友，筹措了一支包含自己军队在内的一万五千人的军队，赶赴京都。双方的实力，表面上看依然是幕府军更强。但是从军事装备上看，却是萨摩藩更加先进，五千主力已经全部装备了火枪，且是比较先进的米尼枪。
幕府军由于后勤保障的问题，不得已将军队一分为二，主力大约九千人进驻伏见，剩余部分则在鸟羽。
趁此良机，倒幕军队首先集中兵力，在鸟羽展开进攻。幕府军虽然不是主力，却也有六千余人，对面的倒幕军却只有四千余人，幕府军显然并没有将它们看在眼里。以传统的冲锋阵型，嗷嗷叫的向着对面冲去。
萨摩藩士兵当仁不让的充当了正面对抗的角色。依然是标准的三段射，将对面的幕府军彻底打翻在地。幕府军确实敢战，不惧牺牲，却因此更快的将自己拉上了绝路。仅仅是一个多时辰的冲锋，已经将两千多人交待在了血泊之中。
幕府军见势不妙，开始后撤，倒幕军趁势反攻，幕府军再次丢下千余条人命，开始向伏见退却。倒幕军知道敌人势大，不敢过于逼近，退回京都。
幕府军随后屯驻与京都东南角，两军对峙。虽然在军力对比上，依然是幕府军占据优势，但是民心向背上讲，幕府却越来越不得人心，*就是丧权辱国的《江户条约》。但是更深层次的原因就是经济的发展，让商人阶层掌握了大昂的财富，却没有获得相应的政治权利，另一方面则是中下层武士的贫困化导致对上层的不满，矛盾的焦点就是幕府。在倒幕军的宣传下，无论是对现实不满的中下层武士还是商人甚至饱受压迫的农民都跳了出来，表示对幕府的反对，整个日本硝烟处处，幕府按住葫芦浮起瓢，好不狼狈。
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