幕府首先动手的对象并不是倒幕军或者说是天皇所在的京都，而是尾长大名。作为与幕府有血缘关系的亲藩大名，理应与幕府同进退。然而，尾张大名却背叛了自己，与倒幕军眉来眼去。试问，幕府如何能忍？
尾长大名在幕府军进攻的时候，正与天皇的使者在秘商呢，根本就没有做好军事准备，可能在他们心目中，还以为幕府会因为亲戚对自己手下留情呢？却根本没想到自己的背叛给幕府造成多大的伤害。
一方是早有准备，同仇敌忾，另一方面却是没有丝毫准备，还心存幻想，战斗结果早已注定。幕府军仅仅用了一天的时间就攻进了尾张大名的城堡。请大家不要奇怪，一个大名怎么就这么容易被干掉呢？你只要想着，一支精锐军队攻克一个乡镇是怎样的结果就明了了。不错，一个普通的大名在明朝可能就是一个乡村的土鳖老财，最大的大名不过就是大明一个下等县的土地与人口。
尾长大名的覆灭终于重振了幕府的威望，至少是关东地区的大名，纷纷表示对幕府的服从，并派出了自己的军队参与幕府对外的战争，虽然此时的幕府已经看不上这些大名的冷兵器部队，但是作为炮灰还是不错的。
幕府的强势行为终于让内部纷争的天皇政府难得平静下来，在萨摩藩与长州藩的主导下，迅速组织军队进行反击。当然，由于军事力量处于弱势，他们所能做的就是在京都重新组织了防线。
双方鏖战了半个月，损失直线上升，但是谁也没有讨得了好。力量的差异由于攻守的不同而得到最大的弥补。双方乒乒乓乓的又断断续续的打了三个月，无论是幕府军还是倒幕军都无法获得关键的胜利，双方都萌生退意。
这时候，英国人跳了出来。混乱的形势下，除了军火，其余物资基本上是卖不出去的，这让视钱如命的英国人如何能忍，“我们是来赚钱的，可不是看你们耍猴的。”拉着双方要求和谈。
双方借坡下驴，展开和谈。
本来已经准备好西瓜准备观战的新华夏意犹未尽的提出了自己的要求，那就是新华夏也要参与和谈。当然，是作为会议的协调方出现，与英国人的角色一样。
英国人与倒幕军自然想说不，但是幕府军自认为新华夏是自己的考靠，自然要拉着入伙。
双方的谈判自然是明抢暗战，经过多番讨论后，提出了“王政复古”，让天皇成为国家首脑，但是实权却掌握在大名联合会议手中。
按照大家的协商，每个大名都有进入联合会议的权利，将来的政府就由联合会议选举产生。这一点大家都没有什么异议。
但是，最重要的就是每个大名表决的权重问题。
一些小的大名自然是是希望“人人平等”，每个大名都拥有一个表决的名额，大家彼此开心。
但是对于萨摩藩与长州藩这样的大藩来说，就显得十分不公平了，因为他们人口更多，领地更广，更重要的是，他们在倒幕的过程中出力最大。
幕府将军代表很自然的提出，以自己领地内的石高来确定彼此的表决权中。这个方案明显对将军有利，因为他们掌握着最肥沃的土地与最多的人口，石高自然不少。众人虽然知道将军代表的提案有着明显的私心，但这却是此时“最公正”的方案。
虽然倒幕的大名更多，但是大家各有想法，倒是幕府的支持者此时显得上下一心，在多番暗中拉拢分化下，幕府代表提出的方案竟然获得了通过。
于是，幕府将军虽然失去了将军的称号，但是却成了世袭的联合会议主席，拥有一成五的表决权，远远超过倒幕的主力萨摩藩与长州藩，他们的表决权重只有半成。更严重的是，幕府的权重再加上亲近幕府的大名权重，幕府直接控制的联合会议权重已经超过了四成。即使不能独立组阁，但是要想做个反对派却是轻而易举。
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