室町幕府的赋税主要分为年贡、口米、三役、运上和小普请金。
足利义满在任的鼎盛时期，元中年间，御领年供口米约为两百余万石、户税钱分为金六十万两，银两万贯、如果再加上幕府所主持的朱印船贸易，总计可达二百余万贯，在幕府收入中的比重已经大致相同，甚至钱帛方面的收入还要更高上许多。
一般来说，室町初年的一户人家有十段田的情况下，主要赋税不算多，只需要上缴兵粮米两石、然后根据所在地出产不同，上缴绢帛和麻布。
正常来说，一人只需要上交两丈绢布或是三丈麻布，然后服六十天的劳役，如果没有征发的话，就按照一天十文钱的价格收取小普请金，虽然仍有栋别钱、丁口钱这类杂税，但相对来说，在天下承平的年月，并不算苛刻。
问题是随着土地兼并的再次加剧，幕府好不容易从豪族庄园内解放出来的佃农，又被迫再次重新典地卖身。可是这些税收，很大程度就是跟着人头来算，就算实际户主的土地已经被其他人侵占，可赋税还是积压在原本户主的身上，农民的赋税日益加重。
加上普请役往往滥用无度，而且轻重不均，劳役的地点经常远离百姓的主持，路途上耗费的时日往往比劳役本身还多，百姓负担日益沉重，动辄倾家荡产。
应仁之乱后，守护林立。幕府控制的领国越来越小，可要花的钱却越来越多，加以军费急需，各地国守护都可以任意用各种名目摊派，无须获得幕府批准，于是杂税林立。
幕府不能检查诸道，诸道不能检查诸州，赋税制度非常混乱。阶级矛盾十分尖锐，久受兵乱之苦的山城国首先爆发一揆，随后的数十年内，各地一揆层出不穷。
净土真宗、日莲宗这样的念宗纷纷打起驱逐守护，悉罢课役的旗号煽动信徒，推翻本国守护大名，苦于赋敛的人民纷纷参加。
长亨二年（1488）北陆道加贺一揆爆发，终于再也无法忍受盘剥的百姓揭竿而起，能登、越中、越前各国信徒群情汹涌，响应檄文，二十万大军蜂拥进入加贺国，包围国府高尾城，一揆大军堵住了越前、越中通往加贺的通路，使幕府军和两国守护军队无法前来解围。六月九日包围者攻克该城，守护大名富坚政亲自杀。
使得当时的幕府惶恐莫名，惊呼为“日月坠入泥土，前代未闻之无法无天。”派去的讨伐军，反被一向一揆打的大败而回，若狭、越前近江以及整个东海道一揆层出不穷，眼看着脸近江、山城两国也要爆发动乱。
最终迫使幕府进行税收改革，其核心便是“万钱悬事令”为主：凡百役之费，一钱之敛，先度其数而赋于人，量出以制入，户无客主，以见居为簿；人无中丁，俗又不便者正之，其租庸杂徭悉省。”
翻译过来就是，各国大名在征税前应当首先制定预算，根据各国的实际支出多少，然后再前去跟本国内的豪族和百姓协商。不管纳税人口籍贯为何，谁现在这块土地的实际所有人，谁就要实际缴纳年供，而不是根据原先账册田籍里面所记录的丁口来无端征收。
对于商户也将按照原本收入的三十分之一来征收，以前借口劳役、绢布、加征等强行摊派、勒索的恶行全部禁止，承认普通百姓之间土地自由流通的现状，放宽对农民的束缚，恢复镰仓幕府时期的贯高法。
贯高法在应仁之乱刚刚结束的情况下，的确让税收公平了许多，但事贯高在税收时的尺度全面变为了钱，而不再是粮食和布匹为主，所以农民在出售场频的时候，不可避免要受到大名的压价盘剥。
即使是丰年的时候，也会出现谷贱伤农的情况，尤其是随着战乱频发，导致钱价上升的局面，无形中又大大加重了农民乃至于下级武士的负担。
盘剥方法，永远比减税的时候多，镰仓幕府时期的贯高法，还属于是“粮钱均半”，但室町幕府改良后的贯高法则是将其他杂税全部并在一起，以浮动价格来计算粮价得出贯税，反而让赋税加重。
随着形势的发展，守护大名因为连年战乱，导致支出不断增加，原本取消的苛捐杂税，便又重新冒了出来。
首先是延德五年，关东管领山内氏上杉显定为镇抚坂东八州，请求幕府允许，每贯加税二百文。幕府准许，并命各道照此加征。
长享三年，九州探题涉川教直奏请，加征兵粮什二以增给军需，结果引发九州动乱，涉川家因此遭到流放，逃亡防长投奔大内家，九州探题名存实亡，大内家以扶持探题的名义对北九州展开长期经略，造成的分裂影响一直延续至今。
此外，明应之乱后，幕府又历次加征盐税、茶税等许多苛捐杂税，增加了百姓的负担。
这些苛捐杂税一直延续到现在，甚至犹有过之。
所以，明石景季带人去劝农耕桑，可不是一句简单的话，也不是当众宣布几份“德政令”就能解决的，那是一个个村子内跟百姓和耆老反复协商的结果。
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