丛生在根颈上，肉质，冬季在地下越冬，春初随气温上升，萌芽出土，初生时水红色至浅紫红色，也有黄色的，长出地面后，颜色加深，一般成为深紫红色，外有鳞片保护。芍药的芽为混合芽，既发育成生殖器官——花，又形成营养器官——茎和叶。萌芽前，芽长为2.5～4厘米。芽生出地面之后的颜色与形态也因品种不同会有所差异，颜色从深紫红色到黄褐色不等，芽形则可分为3型：即短圆型、竹笋型、笔尖型。短圆型，芽体较短，端部钝圆形；竹笋型，芽体较长，端部急尖，呈竹笋状；笔尖型，芽体较长，端部渐尖，状如毛笔的笔尖。芍药发芽是最壮观的场面之一，因为它体现了生命的萌发与活力，因此具有较高的欣赏价值。
由根部簇生，高约50～110厘米，草本，茎基部圆柱形，上端多棱角，有的扭曲，有的直伸，向阳部分多呈紫红晕。
叶，下部的二回三出羽状复叶，即叶的末端由3片小叶组成一束叶，两侧又各有一束叶，两侧的每一束叶通常情况下由4片小叶组成，中部的复叶，末端的3片小叶不变，两侧的小叶片数开始减少，由原先的4片逐渐减为3片、2片或1片，甚至消失，当消失时，末端只有3片小叶构成，这时叫做三回羽状复叶，上方的叶片是单叶。叶长20～24厘米，小叶有椭圆形、狭卵形、被针形等，叶端长而尖，全缘微波，叶缘密生白色骨质细齿，叶面有黄绿色、绿色和深绿色等，叶背多粉绿色，有毛或无毛。芍药的叶也具有观赏价值，“红灯烁烁绿盘龙”中“绿盘龙”就是对叶的赞美，因此也可作为观叶植物。
花芽，芍药的芽为混合芽，属地下芽类型，萌发后伸出地面既抽桂长叶，又展蕾开花。混合芽是多种原基的复合体，由顶端生长点、芽鳞、芽鳞腋内的腋芽原基、叶原基、叶原基腋内的腋芽尿原基、苞片原基、萼片原基、花瓣原基、雄蕊原基、雌蕊原基等组成。该芽称之为母代芽，而芽鳞和叶原基腋内的腋芽原基就是子代芽的原始体。叶原基腋内的及其腋芽原基不产生芽鳞为裸芽；而鳞片腋内的腋芽原基有芽鳞，形成鳞芽。春天鳞芽萌发，子代裸芽随母代混合芽的节间伸长而伸出地面，形成主干上的花枝或分枝；其子代鳞芽不露出地面。待秋后地上部分枯萎后，位于芍药根颈部最上端的子代鳞芽就成了“顶芽”。实际上芍药的顶芽只有一个，就是种子萌发后，实生苗的顶芽。次年，这子代鳞芽就萌发出土，伸枝、展叶、开花。所以，裸芽的生命周期为2年，而鳞芽的生命周期为3年。
芍药其地下鳞芽的腋芽约于8月出现，其顶端生长点由外向内逐渐产生芽鳞原基，到第二年5月，已形成4个芽鳞包被的生长点，6月下旬芽鳞分化完成。然后，顶端生长点开始产生叶原基，叶原基有多个指状突起，而芽鳞原基仅有1～3个。叶原基分化从8月上旬到9月上旬结束。
花蕾，形状有圆桃、平圆桃、扁圆桃、尖圆桃、长圆桃、尖桃、歪尖桃、长尖桃、扁桃等数种。外轮萼片5枚，叶状披针形，绿色，从下到上依次减小；内萼片3枚（不包括变种），绿色或黄绿色，有时夹有黄白条纹或紫红条纹，倒卵形、宽卵形、圆形、椭圆形或不规则形。
花，一般单独着生于茎的顶端或近顶端叶腋处，也有一些稀有品种，是2花或3花并出的。原种花白色，花径8～11厘米，花瓣5～13枚，倒卵形，雄蕊多数，花丝黄色，花盘浅杯状，包裹心皮基部，顶端钝圆，心皮3～5枚无毛或有毛，顶具喙；园艺品种花色丰富，有白、粉、红、紫、黄、绿、黑和复色等，花径10～30厘米，花瓣可达上百枚，有的品种甚至有880枚，花型多变。花期5～6月，果期8月。果实
蓇葖果，呈纺锤形、椭圆形、瓶形等；光滑，或有细茸毛，有小突尖。2～8枚离生，由单心皮构成，子房1室，内含种子5～7粒。具有药用价值。
黑色或黑褐色，种子大型，呈圆形、长圆形或尖圆形。
芍药传统的繁殖方法是用：分株、播种、扦插、压条等。其中以分株法最为易行，被广泛采用。播种法仅用于培育新品种、生产嫁接牡丹的砧木和药材生产。
分株法是芍药最常用的繁殖方法，芍药产区的苗木生产，基本采用此法繁殖。其优点有三：一是比播种法提早开花，播种苗4～5年开花，而分株苗隔年即可开花；二是分株操作简便易行，管理省工，利于广泛应用；三是可以保持原品种的优良性状。缺点是繁殖系数低，三年生的母株，只能分3～5个子株，很难适应和满足现代化大生产及不断飞速增长的国内外花卉市场的需要。
芍药的分株，理论上讲，从越冬芽充实时到土地封冻前均可进行。但适时分株栽植，地温尚高，有利于根系伤口的愈合，并可萌发新根，增强耐寒和耐旱的能力，为次年的萌芽生长奠定基础。不可过早分株，以免发生秋发现象，影响翌年的生长发育；亦不宜过迟分株，其时地温已不能满足芍药发根的需要，以致次年新株生长不良；若迟至春天分株栽植，芽萌发出土，因春季气温渐高、空气温度小，蒸腾量大，分株后根系受伤，不能正常吸收水分和养分，造成断株生长十分衰弱，甚至死亡，所以中国农谚有“春分分芍药，到老不开花”之说。芍药分株适期一般较牡丹为早，荷泽的农谚“七月芍药，八月牡丹（指农历月份）”，是说在菏泽，从8月底芍药就可以分株了，直至9月下旬（处暑至秋分）。而扬州在9月下旬到11月上旬分株。分株苗经三四年生长又可再次分株。年久不分，会因根系老朽，植株生长衰弱，开花不良。
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