在具体的治国方面，朱元璋以元末“朝廷暗弱，威福下移”，纲纪败坏，官吏骄恣，从而致使元朝倾覆，顺帝北迁作为教训，立国后采取了“治乱世用重典”的原则。朱元璋始终认为“胡元以宽而失，朕收中国，非猛不可”。以此思想作为指导，如在刑名制定方面，明朝对“事关典礼及风俗教化”一类非直接侵犯君主政权的犯罪量刑轻于唐律，但对“盗贼”及“帑项钱粮”之类直接危及专制统治的重大犯罪量刑则重罪加重，法外用刑，狂诛滥罚，制定了族诛、断手、刖足、阉割为奴、挑筋去膝盖等一系列法外刑。
洪武十五年（1382年），出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力。锦衣卫是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑。
朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下。朱元璋派出大量名为“检校”的特务人员，暗中监视。但是到了晚年朱元璋逐步废除了锦衣卫及其特权，以及一些比较残酷的刑法。
朱元璋出身贫苦，受贪官污吏的敲诈勒索，又鉴于元朝的政治混乱，故以猛治国。即位后在全国掀起了“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。
首先，对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。其次，明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部中，由于大量留用元朝的旧官吏，以及一些造反起家的功臣。他们有恃无恐贪赃枉法。朱元璋对这些官员进行惩处。第三，朱元璋利用残酷刑法处置贪官，采取“剥皮揎草”、挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。这种举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。第四，朱元璋对自己培养的官员决不姑息迁就。
为了培养和提拔新力量，朱元璋专门成立了培养人才的国子监，为没有入仕的年轻读书人提供升迁机会。他对这些新科进士和监生厚爱有加，还经常教育他们要尽忠至公，不为私利所动。第五，朱元璋制定整肃贪污的纲领《大诰》和《醒贪简要录》。
《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。朱元璋下令全国广泛宣传这本书；他还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。 第六，允许民间百姓上访。明朝允许百姓扭送不法官吏。如果官吏在征收税粮以及摊派差役作弊曲法，百姓可以向上级官吏举报，也可以直接扭送。
不仅如此，对于应当接访而没有接访处理的上级官员，亦要依法处决。此外，朱元璋在午门外特设“鸣冤鼓”，民间百姓若有冤情在地方讨不回公道，可上京击鼓直接告御状。
朱元璋当政三十一年，先后发起6次大规模肃贪，杀掉贪官污吏15万人。他“杀尽贪官”运动贯穿始终未减弱，但贪官现象始终未根除，晚年只能发出“朝治而暮犯，暮治而晨亦如之；尸未移而人为继踵，治愈重而犯愈多。”哀叹。
在军事上，朱元璋废除了管理全国军事的大都督府，将其分为中、左、前、后、右五军都督府，并和兵部互相牵制。兵部有权颁发命令，但是不直接统率军队，都督府掌管军队的管理和训练，但是没有调遣军队的权力。这样，军权便集于皇帝之手。
朱元璋还确立了卫所制度，这是他模仿北魏隋唐的府兵制、又吸收元朝军制的某些内容而制定的
洪武年间，朱元璋置亦集乃旧城、镇番卫、宁夏卫、者者口守御千户所、东胜卫、开平卫、大宁都司、安东卫、吉林船厂。明军巡逻着“北去不拘几千里”的辽阔疆域。朱元璋效仿元朝“朔方铁骑纷如蚁”、“西北广莫无一城，控弦百万长横行”的盛况，欲利用漠南养出肥美的牛羊及战马。为此朱元璋推动北部卫所游牧化，漠南民众除了粮产区不许放牧外，漠南荒闲平地及山场，“听其牧放樵采”。诸王敢有说是“自己草场山场者，其论非轻”，并叮嘱诸王要长远的牧养，要求军户有自己的牧群。
朱元璋通过宗室的婚嫁，联姻文武勋贵，企图以血缘和裙带关系来达到屏藩帝室的目的，如周谊、翁吉剌、邓愈、扩廓帖木儿；常遇春、常升、蓝玉、曹震等；傅友德、谢成、冯胜、王弼等；徐达、阿哈出、把都帖木儿等；徐辉祖、李景隆、耿炳文、沐晟、郭英、吴高、吴杰、张杰、胡观、李坚、梅殷等。即朱元璋所称的“中外配合”
元朝时期，中原汉文化在一定程度上受到蒙古及其他民族的影响和冲击。朱元璋建立明朝后，制定《大明集礼》，力图恢复汉族礼仪文化，并采取一系列去蒙古化的措施。服饰方面“复衣冠如唐制”，并制定了具有明朝特色、等级严格的冠服制度；礼仪方面革除胡跪，恢复汉族传统的稽首、顿首、空首的跪拜方式，并按等级实行五拜、四拜、再拜之礼；姓名方面严禁胡姓，甚至连汉族复姓都遭池鱼之殃 ；语言方面杜绝胡语，钦定《洪武正韵》；婚姻方面禁止收继婚。通过复兴汉文化，朱元璋成功驱除了蒙元的阴影，并建构了新政权的合法性
朱元璋从元朝灭亡中看到，除了统治者本身的素质以外，整个社会失于教化也是一个原因。因此，登基后，就采取措施，兴建学校，选拔学官，并坚持把教育工作作为衡量地方官政绩的重要指标。
洪武三年（1370年），朱元璋下令设科取士，士人参与科举考试必须通过三场的考试，不过写法或偶或散，无定规。 文科考试内容主要局限于四书五经，考试文体通用八股文，虚内容而重形式，因而明代科举制又称八股取士。
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