接受明朝招安后，郑和明朝、在台荷兰人有三角关系的周旋来回。
1630年代海澄人刘香势力崛起，刘香原与郑芝龙同为颜思齐党伙，与李旦之子李国助合作。郑、刘两大势力于1632年－1635年间，在沿海多次发生冲突。
为此荷兰人制海图，主要描写郑芝龙（Yquen）与郑成功（Koxinga）的基地，也就是金门与厦门一带地区。
郑芝龙受招抚后，由刘香统领的势力仍继续海上劫掠。当时的郑氏的活动地区以福建为主，虽停止了在台湾长久生根的打算，但并未切断和台湾的关系，因为垄断对日和对台的贸易是经济上有利可图的。
日本锁国初期在日本出现的中国帆船，日文称“唐船”。
1633年，台湾长官汉斯·普特曼斯攻打厦门被郑芝龙打败，后来双方达成和解，普特曼保证不来中国大陆沿海，由郑芝龙派船至台湾进行贸易。当时东印度公司史料记录显示：一官己成为该公司脚下一根刺，不拔不快，可见当时郑芝龙势力之大。
1633年10月荷人与刘香联手，攻打郑芝龙但在料罗湾被郑击败。
1634年4月刘香欲袭取大员（今台南市安平区）和台湾岛为据地，在打狗一带上岸，遭当地原住民斩杀海盗二、三十人败走。
1635年，郑芝龙终于击溃刘香势力，把持东洋航路贸易商机。此后东南海疆唯郑芝龙是从，来往内外商人皆用郑氏旗号，“每一舶例入三千金，岁入千万计，并筑城于安平八闽以郑氏为长城”。
郑芝龙靠严密的“五商”商业组织畅行东南沿海，此组织掌控中国境内进出口的商品销售管道。分“山五商”及“海五商”两路，山路设于杭州及其附近地区，由金、木、水、火、土的五行负责收购中国丝绸、瓷器、珍玩等各地特产至厦门。
接着从厦门分表以仁、义、礼、智、信五行经海路的庞大的商船队，将货品运销至东北亚及东南亚各地。
荷兰莱顿人彼得·凡·德尔绘有《着名海盗一官所据的中国沿岸岛屿》地图中，主要描绘了17世纪时，郑芝龙（图中称“Iquen”）、郑成功（图中称“Koxinga”）父子在福建东南沿海的势力范围，并特别着重在厦门及金门，可见此二地可能是郑氏父子主要的根据地。
1639年，日本历经岛原之乱开始锁国政策，只准荷兰及中式帆船进出，郑芝龙籍此机会扩大贸易网，在明朝灭亡前后的十年时间内，挂着郑氏旗号的中国商船络绎于大陆沿海、日本、台湾、吕宋、澳门及东南亚。华船（大部分是郑芝龙的）进出日本的数字比荷兰船多出七至十一倍。
崇祯十三年（1640年），明廷擢郑芝龙为潮漳总兵官加都督同知。
1631年，郑芝龙进剿瑶族山民，屯兵广东大埔县三河坝，梅江、汀江和梅潭河汇流成韩江之处。郑芝龙再次受令至粤东山区征剿瑶民。
南安张六角、林隆，安溪长泰里吴少子、戴厚等发动民众起义，以青巾为号，各有武装数百人。次年秋，起义被镇压，余部大多投降郑芝龙。
郑芝龙泉州同乡洪承畴劝降郑芝龙，因此以海盗来袭为理由将驻军撤离仙霞关让白马军入闽，郑芝龙退守泉州安平。
年底白马军迫近安平，以高官厚禄诱降，12月，郑芝龙降白马军，时年40岁。
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