经过萧何和贾诩的建议，以及刘基自己的考虑，西域军团下设十个骑兵旅的统领，将任命高宠、史万岁、灌婴、英布、龙且、张绣、华雄、杜宁、肖峰和罗坤这十名顶级武将来担任。
西进军团下设二十个步兵旅的统领，分别是东汉云台二十八将里面的邓禹、吴汉、贾复、寇恂、朱祐、杜茂、景丹、耿纯、祭遵、铫期、马成、陈俊、坚镡、王霸、李忠和傅俊，还有李信、蒙武、邱瑞和酆泰四人，这二十人的武力值，都达到了一流武将的水平，而且每个人的统帅值和智力值都不低。
草原军团下设二十个骑兵旅的统领，包括杨再兴、周凯、文丑、颜良、太史慈、甘宁、许褚、伍云召这八位顶级武将，以及吴谅、马铁、屈突通、乐进、于禁、陈武、潘璋、臧霸、曹休、严颜、冯胜和林冲这十二名一流武将。
草原军团下设五个步兵旅的统领，分别为王伯当、石宝、梁兴、尉迟迥和武安国这五位一流武将。
本土军团下设五个骑兵旅的统领，分别为关胜、贺若弼、李文忠、郑玮和王季这五名一流武将。
本土军团下设十个步兵旅的统领，包括韦孝宽、高顺、徐荣、张归霸、张归厚、张归弁、程普、黄盖、韩当和廖化，这里面除了廖化是一流武将，其余九人都是二流武将。
近卫军团下设一个骑兵旅和一个步兵旅，骑兵旅的统帅由樊哙担任，步兵旅的统帅则由典韦担任。
除了这三十六个骑兵旅和三十六个步兵旅的统领之外，刘基又任命了三百六十名武将为骑兵营和步兵营的统领，这三百六十名武将至少也是三流武将，其中不乏众多的一流武将，基本上都是从系统召唤出来的武将。
另外刘基为三百六十个营各配了一名都尉，其中大部分也是从系统召唤出来的武将，也有不少这个时空的武将。
刘基吃了洗髓伐毛丸，武力值变成64点之后，就用掉了四十二万点灵魂值，召唤出来了春秋战国时期的四十八名一流武将、一百零三名二流武将和二百名三流武将，再加上刘基以前召唤出来的武将，破虏军三大主战军团以及近卫军团的整编，已经不缺少将领了。
本土军团的统帅乐毅，本身只是二流武将，为了保护他的安全，刘基从傀儡保镖之中，把武力值94点的刘俭、刘克，以及武力值93点的刘章、刘恩，派到了乐毅身边，充当乐毅的贴身保镖，这样一来，三大军团统帅的身边，就都有四名傀儡保镖进行保护了。
确定了破虏军三大主战军团以及近卫军团的主要将领，接下来就是三大主战军团以及近卫军团的整编了，不过对于接下来的整编，刘基就不需要太关注了，自有各军团的将领去忙活，而刘基则一头扎进了温柔乡，不过一封朝廷送来的旨意，却让刘基没有办法继续在温柔乡享福了。
大晋427年九月三十日，在成阴城的征虏将军府内，刘基沉声对萧何和贾诩说道：“朝廷这次赏赐了本将军一个子爵的爵位，并且让本将军带兵去东南几州剿灭那个叫张明奇的反贼，你们两人对此有什么看法？本将军应该去京城吗？去了京城会不会有危险？”
刘基通过黑水台得知，张明奇原本是朝廷的县令，响应朝廷的号召，在自己所在的县，组织了一支归属于县衙的地方军队，张明奇本身武艺高强，麾下还有几员猛将，在张明奇的带领下，他的军队先是扫清了本县境内的流寇，随后又接连击败了多股入侵的流寇，张明奇还多次出兵附近的郡县，帮助这些郡县，剿灭当地的流寇。
张明奇在对流寇的作战当中，每次战后，都挑选出流寇俘虏里面的青壮男丁，补充到了自己的军队之中，使得张明奇手中的军队，如滚雪球一样，兵力迅速膨胀起来，短时间内就达到了四万余人，可是这个时候，张明奇所组建的四万军队，落入了十三世家某位重臣的眼里，这位朝廷重臣想把这支四万余人的军队收入自己家族的囊中，于是就给张明奇扣了一个私通流寇的罪名，准备把张明奇治罪之后，就安排自己家族的子弟，接管张明奇的四万人军队。
没有想到最终却把张明奇逼反了，弄出来了一个东南巨寇，至于这位朝廷重臣就是兵部尚书韩仁吉。
萧何说道：“现在东南的宿州、琼州和廉州基本上已经被张明奇的军队所占领，苏州、杭州、浙州和福州要是再丢了，那么朝廷的赋税一下子就会减半，所以这次朝廷不得不想尽一切办法，来剿灭张明奇，让东南几州恢复安定，主公拥兵数百万，又刚刚击败了西域的高昌国，降服了草原的党项族和楼烦族，朝廷把主意打到主公的头上很正常，去京城应该也不会有危险，我倒是建议主公去。”
顿了一下萧何继续说道：“主公名义上毕竟是大晋朝廷的臣子，朝廷下旨让主公南下平叛，如果主公置之不理，虽然朝廷现在拿主公没有办法，不过从此以后，朝廷就会把主公当做头等大敌来看待了，另外我们西域都护府和北庭都护府的晋人太少了，这次主公应该还能弄到不少人口。”
贾诩说道：“主公，属下认为可以先去京城看看，主公到了京城，一定能拿到不少的好处，也许还会有意想不到的收获，现在朝廷指望着主公把张明奇清剿了，去京城不会有什么危险的，何况主公这次还会带着大军一起前往京城。”
刘基皱眉说道：“那个张明奇的军队，扩充的速度非常惊人，根据黑水台的情报，张明奇的军队已经超过了二百万，而且每天还在飞速增长当中，如果本将军带兵南下平叛，得带领多少军队才够用？”
听到萧何和贾诩都赞同自己带兵南下平叛，刘基就下决心要去京城了，只是张明奇的军队实力不弱，刘基的地盘距离东南几州又有些远，要是带太多的部队，一路上所需的粮草，绝对是一个天文数字。
萧何这时说道：“主公，这次朝廷在让您带兵去京城的同时，又向大晋各地发出了檄文，征召各地兵马汇集于京城，共讨反贼张明奇，这样一来，主公这次南下平叛，就不需要带领太多的军队，属下觉着只带二十万大军就可以。”
贾诩点了点头说道：“我们这里距离东南几州，路途遥远，主公带太多的军队，补给将会成为一个大问题，想必这次南下平叛，会有不少不甘寂寞之人蹦出来，除了主公所带的兵马，聚集在京城的各路兵马，必定不会少了。”。
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