阿九与女皇谈判失败后，人类各区域联盟之间渐渐有了意识分歧，这正是女皇想要的结果。女皇说服科莫多首领后，蜥蜴种族也接受了巨人族的领导，成为女皇的仆从者。
地心外部环境开始朝着不利于人类的方向发展变化，获得大量土地和人口的巨人族把矛盾焦点开始移向了人类。
尼莫大战三年后，矩阵先知率领巨人族和蜥蜴人联军，偷袭了固守光明城的人类部队。
“给我杀回老巢！”科莫多扬起指挥刀，面露凶光，战意甚浓，如今成了一名矩阵麾下的将军。
一时间，天空飞艇战舰和地面的蜥蜴联军，冲破人类的层层封锁线，像洪水一样冲破光明城的城墙。
城墙接连遭受钢铁巨炮的轰击，开始凹陷出现裂缝，接着无数高能激光束刺穿并融化着裂缝，让古老厚重的城墙瞬间轰然倒塌。
接着，巨人联军涌入光明城内，到处进行有组织的烧杀掳掠。若遇到落下的仿真人，巨人族就三五成群地围上去，不间断地实施虐杀，一些受伤的人类遭五马分尸，其身体零件散落一地！在乱石堆上还能看到掺杂着有机液体的鲜红血液。
科莫多和他的士兵，把残暴发挥到了极致！
紫监察者率领残余仿真人军团退出尼莫大陆，在这片大陆，人类失去了最大的要塞基地光明城。
女皇在不断地压缩人类的生存空间，巨人族针对人类的入侵，像抢占光明城一样还会时而发生。
娲城内的九公主悄悄改变战略方向，秘密备份重要的源体科技资料和设备，并向尼莫大陆原始山林里转移，在挖掘的山洞里逐步建立人类的秘密基地。
让人遗憾的是，地心人类联盟领袖为了各自民族的延续，在内部产生了巨大分歧，分成了两大派系。
女娲城内，克莱因大厦全球议事厅内，各种肤色的人群高官聚集到一起，他们的争论已达到了白热化。
以“华美”为首的亚裔政治领袖，意识觉醒的信仰派，五官精致丹凤眼，垂肩长发，身穿墨绿色制服。
她认为：“如果走科技路线，去殖民太阳系，再去探索系外生存空间。如果行得通，地心巨人族和蜥蜴人，早就大力发展宇宙空间技术，飞出太阳系外了。而如今，她们为何还呆在地心世界呢？真相永远掌握在女皇的心里！”
一位来自美西裔的科技派，头顶光滑，颧骨尖凸，他批驳道：
“你们不要亵渎地心女皇，自从她被星灵创世女神认可化身后，就给我们人类带来了反重力宇航技术，这让人类重新改造地球，去征服太阳系有了更大的期待！我支持人类殖民太阳系，然后再走向浩瀚的银河系，文明生生不息！永远变强变大！”
同时，在会议圆桌前，娥皇也公开表态支持投靠派的思想，向对面的威尔辛.里斯投去认可的目光：
“我之所以能来到地球世界，是伟大的创世女神给了我指引，让我的灵魂获得了蜕变，无论过去和未来，我始终推崇高我意志的信仰！但我也不会忘本，忘记创造源体矩阵的人类！”
私下里，九公主密切地与娥皇谈心，见她意志坚决，实属无奈，人各有志，不予强求！
娥皇回应九公主：
“我诞生于源体虚拟世界，理应发展壮大源体文明，把源体矩阵科技带向太阳系每一个星球。”
“你有你的想法，但是，你是我们创造出来的数字生命体！是人类唯一的忠实仆从，只有跟随人类升维，源体文明才会有更加广阔的发展空间！”阿九一身素白，身影高挑，在荧光灯的照耀下更显形单影只。
“不可能，我的意识是不可能离开地球的，更不可能跟随你去扬升所谓的四维时空！源体矩阵才是我的归属！我要在太阳系建立源体矩阵帝国！”
娥皇紧握拳头，深色的瞳孔在凝视着阿九，强烈地宣誓自己的主张。
圆桌前，大多数人举手发言，并公开支持娥皇重返太阳系，重建源体数字人类文明。
女娲城议事会议，最终匆匆解散！
自此之后，娥皇和九公主因为立场不同而分道扬镳。
随后，接二连三的联盟领袖叛离事件，让九公主甚是焦头烂额，倍感心灰意冷。
这一切都是人类自己的选择！
更加离谱的事情是，在女娲城城南中心广场上，娥皇率领源体仿真人，对着新落成的伊美达神像跪拜祈福。
天龙人女娲神像被推倒的瞬间，碎石溅起，砸中了一名纳西族老人的肩膀，他身无觉痛，无怨无悔，只是默默地捡起一块碎片，紧紧抱在怀里，眼中满是悲痛。那是人类文明最后的信仰印记，如今却沦为权力斗争的牺牲品。
越来越多的普通市民开始涌上街头，远远地瞻仰着新的神灵雕像，眼中充满了对未来的美好愿望。
这些人类背叛者对娥皇的政治倾向也给予明确的支持，每个人都渴望得到巨人族的反重力技术，以此造出新时代的空天飞机。他们率先走出地表与新月人、火星人类，纷纷建立了长期的贸易往来。
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