小学一年级的新一，因为学校妖怪的传闻横行，就打算去找出这个传闻的真相。而青梅竹马的小兰因为担心新一，就在夜晚跟着新一，通过新一在傍晚提前打开的一扇窗，两人就这么溜进了学校，一路来到到了传闻中妖怪出现的图书室，想将那个妖怪找出来。
然而在一片黑暗的图书室中，两人没有遇见妖怪，却邂逅了一位自称是柯南弟弟的成年男子。他坐在高高的书架上，手里翻阅着一本《怪盗绅士》，突然出声把两人都吓了一跳。虽然形迹可疑，但没有对新一和小兰做什么过分的事······撇开他一些装神弄鬼的小把戏。
这个男子只是掏出了一个牛皮钱包，声称里头藏着宝藏，问新一是否有能力将其找到呢。
当时的新一认为，这是对他发起的挑战，因为父亲工藤优作曾告诉过他面对挑战不能逃避，所以新一顺势就接受了这个挑战。
那个男子见新一的接收，开心的笑了一声，用一柄小刀插着牛皮钱包将其钉到了新一和兰背靠的门上，随即就在新一他们注意力从他身上移开的短暂时间里，从图书室消失了。
新一搜了一圈未果，这才取下墙上的钱包查看······钱包里头只放着一张暗号纸，其他什么也没有，但仅仅是一张暗号纸就彻底激起了新一的好胜心！
这时候图书室的同学们都是围了过来，一起听着柯南讲故事。
最后新一也是成功的破开暗号……
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