虽然这两台顶在最前面的动力装甲外壳上也被喷溅上了器官兽的腐蚀液体，但密闭性更佳、装甲厚度更高、装甲材质更优秀的它们并没有受到多大的损害，至少不会令它们就这样被破坏至无法使用。
而当两台动力装甲扫清了埋伏在通道中的那些器官兽后，更多的区域装甲兵顺着他们开出的通道，进入到了地下二层。只是这一次，他们比那些佣兵更加谨慎细致，为了防范再一次出现佣兵们遇上的那种情况，开路的区域装甲兵还使用了盾牌（那种可以抵御电浆武器，附带有力场发生器的盾牌，重量极大，就算是以区域装甲兵们的动力盔甲力量输出，也只能使用盾牌后，再多用上一支手枪，磁轨步枪是绝对无法正常使用了）。
随着GdI部队成功控制地下一层到二层之间的坡道通道，并在出口位置处设立了防御阵地，他们对地下二层的搜索也即将展开。
由于在通道处遭遇到器官兽并发生交战，并损失一名佣兵，因此对地下二层的调查搜索工作，是在等待地面增援部队进入抵达后，才继续进行的。
这一次，打头阵的，就不再是人类，dI并没有吝惜佣兵的性命，只是在用光那些本就不属于GdI的战斗机器人之前，佣兵还能多留一会儿——真正的原因自然是因为这些披着GdI外皮的克隆人更讨厌机器人一些罢了。
地下设施内在展开搜索行动，地面上的战斗也没有停歇，除了之前派来压制佣兵的三架奥格攻击机，此时GdI又派出了五架奥格总共八架VtoL攻击机在工厂区域上空提供着对地火力支援。而巴宁格中校手上的地面部队也全部进入工厂，并以研究中心为基点向外展开防线，将那些不断袭来的泰晶感染体一一消灭。
他们并不担心那些感染体会不会四散乱走而进入到工厂附近的村镇中去造成更大的伤亡，因为此时，工厂区域内所有泰晶感染体不知为何都像是突然有了某种神智一般，只顾盯着研究中心进行冲锋，根本不会向着外围区域散离以造成泰晶污染扩散。
这个行为让GdI部队只需要坚守住研究中心就行，那些泰晶感染者自会冲到枪炮面前来送死。这也是为何地面部队还有余裕向地下派出增援部队。在现代先进武器面前，那些只是凭着本能和肉|体来进攻GdI阵地的泰晶感染体，并不会比普通生物强大多少，就算是那种巨型蝎子的几丁质外壳，能够抵挡大多数单兵枪械攻击的它们，面对穿透力极强的磁轨炮时，也不会比纸张坚韧多少。
GdI地面部队防御阵地外围，很快就堆积起大量泰晶感染体的残肢断臂、破烂肉块，就像是一堵墙似的。很快，区区数千的泰晶感染体就在无畏进攻人类枪炮阵地中被逐一消灭——它们数量其实也并不占有优势。
地面局势已经得到完全控制，地下的进展却不怎么令人满意。
在得到近百台哥顿式战斗机器人和数十名佣兵的支援后，GdI上尉又派出一台完好的战狼式动力装甲以及十名区域装甲兵参与，可是看似空间宽敞的地下二层区域，结构与上一层完全不同，就像是一个迷宫，进入到这一层的作战部队很容易就会被分散开来，加上周围环境导致的通讯不畅，一旦有人员与大部队走散，就很难再找回原来的路。
“这一层的结构可以随时变化！”当看到一条刚刚还有人走过的路变成了一堵围墙后，上尉终于忍不住要发火了，“之前绘制的路线图完全就派不上用场！想办法把所有墙壁、隔板都给我炸穿！不让人好好走，那我们就自己炸出一条路来！”
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