孙可望问题对于朱由榔而言一直是个比较棘手的问题，一方面在于，无论如何，孙可望都是当初西军仅次于张献忠的二号人物，但目前的明军当中，西军可以说是最大的一座“山头”。
如果直接杀了他，会不会激起兵变？或者让一些将领产生嫌隙和兔死狐悲之心？
现在的光复军当中主要分为四派，即西军一系、忠贞营一系，和朱由榔亲自在肇庆将江南与两广的各路溃军，捏合在一起的中军，被文武官员们私下称呼为“肇庆系”。
当然还有自成一体、油盐不进的郑氏一系。
这也就是为什么之前朱由榔不敢搞激进的整编或者军制改革之类的事，因为他知道，那时候绝大部分军队只是名义上归属于明廷而已。
但桂北一战之后，情况便大不相同了。
这便要说到桂北之战的第二个战果，就是大大的增加了朝廷影响力，首先在此战当中，朝廷担负起了军队的后勤供应，西军没有像历史上那样南进云南，故而眼下的西军是一支无根浮萍，必须依赖于肇庆朝廷的供给。而大量的伤亡减员和那三万五千俘虏的补入，又大大稀释了各个独立派系的影响力。而且朱由榔通过御驾亲征的方式，身先士卒，在基层官兵心中已经树立起了庞大威望，就算有人想作乱，恐怕也未必能拉得动下面的军士。
有些事情也就可以做一做了，毕竟信任归信任，但身为领导者、统治者，该有的手段还是要有的。
害怕自己做得会不会让武将们产生什么其他心思，朱由榔还专门请教了瞿式耜和吕大器。
吕大器却表示，今非昔比了，之前不去做那是因为时机不成熟，如今天子威望无以复加，拆分军中派系，限制武将这种事哪朝哪代都要做，你不去做，武将们还担心呢，深怕你是不是打算将他们“捧杀”，用完就扔？相反做了之后，他们才会放心，你是真的将他们视为臣子。
得到吕大器指点的朱由榔立马就动了手。
首先是对前军的忠贞营一系，这次李过所部斩杀尼堪，全歼八旗数千精锐，居功至伟，升任李过为光复中军都督，留下的前军都督同知缺口由在桂北防御战中负责指挥，立下大功的中军左师总兵赵印选接任。其下将领郝摇旗参与多次战役，冲锋在前，升任中军佥事，总兵缺口由刘体纯补任。
还有斩杀了尼堪的李来亨，被升为总兵，但却是调回肇庆，另有任用。
而对于西军一系则要谨慎一些，在击破孔有德中军时立有大功的冯双礼被提拔为中军都督佥事，他的总兵位置由胡一青接任。除此之外两军下面的副将、参将一级也互有调动，比如中军参将张承宗到了前军当副将，而李景兴则到了左军当副将。
一波操作下来，前、左、中三军就成了你中有我、我中有你的犬牙交错之态，中央朝廷的权威得到空前巩固。
除了人事调动，还有防区安排，战争已结束，不可能所有人都挤在广东吧？其他地方还守不守了？
光复前军驻守湖广，中军驻守广东、闽南，左军驻守广西、贵州。
对军队编制也进行了进一步规范，原本的每军前后左中右师改为一、二、三、四、五的数字排列，这一方面是容易叫岔嘴，比如左军前师、前军左师，太易混淆，另一方面日后东征两江、北伐中原，肯定还要扩军，也为以后的编制留空间。
其下每营参将下辖三名千总，每千总辖三把总，每把总辖四哨总，每哨总辖四队正，每队辖四伍。
其中，朱由榔没有采取戚继光的11人为一队的基层编制，而是采取了俞大猷20为一队的编制。这是李定国的建议，因为戚继光所部编制是为了对付以小规模袭击为主的倭寇和蒙古散骑，而眼下和清军作战则都是以步骑混杂的大兵团为主，并不适合。
事实上戚继光到了蓟镇以后，也因地制宜改变了编制，创造出车阵战术来。
以二十人为一队，则一哨便能结成一个小方阵，不再像戚家军那种“花队”，也就是一队当中有好几种兵种，拿火铳的、刀矛的、狼筅的都有，而是采用“整队”式编成，一队当中统一使用一种兵器，比如长矛队、刀牌队、火铳队。
严格编制之后，每营包含亲兵、伙夫等编制，限定为三千二百五十人。整编之后，整个大明光复军兵额限定为十五万人整。
所有十六岁以下，三十八岁以上兵员就地裁汰，朱由榔也不亏待他们，对于年纪大被退役的，基本都被安排到府县里当衙役、公差，或者在被裁撤后的原卫所军田上分出土地屯田。
而十六岁以下，朱由榔更加重视，他将这些娃娃兵们统一带回肇庆，编为一个“羽林旅”，大约有两千多人，作为未来的亲信青年军官培养。这些少年人一方面已经有了一些战场经验，胆子不小，另一方面年纪尚幼，还没被封建军队这个大染缸彻底染成“兵油子”，有着极强可塑性，是培养“近代化”新式军官的天然原材料。
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