哈布斯堡王朝正是通过联姻在欧洲大陆的影响，使帝国的势力大大增强。
马克西米利安精心安排的政治婚姻，使他的孙子查理五世（西班牙称卡洛斯一世）成为欧洲的霸主。1506年，查理的父亲英俊王腓力英年早逝，查理便继承了勃艮第公爵一职，成为了西属尼德兰（荷兰和比利时）的首位统治者。1516年，查理的外祖父，西班牙国王斐迪南二世病逝，查理因此成为了西班牙国王卡洛斯一世。自此，西班牙全国、意大利南部的西西里岛、撒丁岛、那不勒斯王国以及西班牙在美洲的殖民地都成了哈布斯堡王朝的管治领域。
1519年，查理的祖父，神圣罗马皇帝马克西米利安一世病逝，查理继承帝位成为查理五世，并承继了家族对奥地利和阿尔萨斯的管治。
此时，查理五世成了统治最多领土的欧洲君主，不过仍然不断出征，如对付基督新教徒以及奥斯曼帝国的入侵。因此，查理五世所统治国家的内政，多由他的代理人处理，在西班牙的代理人是他的儿子腓力王子（也就是后来的腓力二世），而在奥地利的是他的弟弟斐迪南大公（也就是即后的斐迪南一世）。
虽然，哈布斯堡皇朝的领地面积已冠全欧，但皇朝为扩张而进行的征战并未止歇。
1526年8月29日，匈牙利兼波西米亚国王拉约什二世与奥斯曼帝国苏丹“奇迹王”苏莱曼一世，在匈牙利首都布达佩斯附近的摩哈赤激战，史称第一次摩哈赤战役。土耳其军队战胜匈牙利军队，路易不幸战死沙场。但奥斯曼帝国并无长期占领匈牙利，反而在9月时撤军。此时，神圣罗马皇帝查理五世的弟弟，奥地利大公斐迪南以拉约什的姐夫身份继承匈牙利王国和波希米亚王国国王。虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亚和摩拉维亚一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亚（波兰南部）也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。
哈布斯堡王朝是欧洲历史上最为重要、影响力最大、统治地域最广的王室家族，该家族成员曾出任过奥地利、匈牙利、比利时、荷兰以及德国等国君主。 可是到18世纪，这个家族却突然衰落，其原因令人困惑。然而科学家们最新研究发现，乱伦和近亲结婚可能是导致这个欧洲皇室家族衰落的主要原因。哈布斯堡王室家族成员流行与他们亲属结婚的传统，以此保持家族血统纯正。但此举却对他们的后代产生可怕的结果，这些遗传疾病在最后一位直系继承人卡洛斯二世身上的表现最明显。卡洛斯二世绰号“中魔者”（西班牙语：El Hechizado），因为当时的人们认为，卡洛斯二世的身体和心理疾病是巫术诅咒造成的结果。直到四岁后，卡洛斯二世才会讲话；直到8岁后，他才会走路；他的个子很矮，身体也相当纤瘦而且孱弱；他对周围的一切事物几乎都不感兴趣；他30岁的时候，看起来却老态龙钟，腿、脚、腹部以及脸上都浮肿；在他去世前的几年，他几乎不能自己站立，还遭受着幻觉和痉挛的折磨。科学家们的研究显示，由于遗传祖先紊乱基因，卡洛斯二世至少遭受两种遗传疾病的困扰。一种是造成荷尔蒙失衡的垂体激素不足，影响了他的生长发育；第二种是肾疾。 此外，卡洛斯二世还患有家族成员特有的“哈布斯堡唇（下颌前突畸形）”畸形，他的舌头很大，以至于他说话困难，经常流口水。他的头也太大，肠道位置颠倒，身体经常抽搐等。尽管卡洛斯二世身体畸形，并有严重的健康问题，但他依然结过两次婚，希望继续维持哈布斯堡王朝的统治。但是直到他39岁去世，也没有留下任何继承人，哈布斯堡王朝在西班牙的直系从此灭亡。在卡洛斯二世之前的200年中，11次婚姻中有9次是近亲关系，包括两对舅舅和外甥女的婚姻，两对第一代堂兄弟姐妹之间的婚姻。卡洛斯二世的父亲腓力四世是他母亲奥地利的玛丽亚·安娜的舅舅，他的曾祖父腓力二世也是他曾祖母奥地利的安娜的舅舅，他的外祖母西班牙的玛丽亚·安娜同时也是他的姑姑。哈布斯堡王朝的座右铭就是：“让其他人发动战争，而你们，快乐的奥地利人，就去结婚吧！”以此赞美家族成员互相结合的趋势。
西班牙的哈布斯堡王朝于1700年绝嗣而亡，而奥地利的王朝于1740年绝后，随即被分支哈布斯堡-洛林王朝取代，直至1918年帝国被奥地利共和国取代。部分哈布斯堡王族后裔依然生存，分别定居于奥地利、列支敦士登和德国。 [3]王室分支播报编辑1556年，查理五世因为在击溃新教力量的最后努力失败后，查理五世就开始脱离政治生活。因此决定将西班牙王位和奥地利大公分别让与他的两位代理人，并让他们各自的子孙世袭他们自己的王位，不得互传。自此，哈布斯堡王朝正式分为奥地利分支和西班牙分支，查理五世时期一人统领王朝领地的局面也不再出现。奥地利哈布斯堡王朝1556年，查理五世将奥地利大公之位让与其弟匈牙利及波希米亚国王斐迪南一世，并立斐迪南为神圣罗马帝位的继承人。但根据查理的遗嘱，斐迪南及其子裔丧失了继承为西班牙国王的权利。此举使斐迪南成为了奥地利哈布斯堡皇朝的首位君主。自此，奥地利哈布斯堡皇朝统治奥地利，匈牙利及波希米亚直至1740年查理六世去世玛丽娅·特蕾莎继承王位，历10代君主，这二百多年亦是欧洲历史上战争最多的时期。之后欧洲两大阵营为了争夺奥地利王位和在奥地利获取利益爆发了奥地利王位继承战争。
1504年卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世（Isabella of Castile）病逝。由于，她与阿拉贡国王斐迪南二世（Ferdinand II of Aragon）所生的儿子都不幸夭折，在伊莎贝拉身故以后，女王储胡安娜（Joanna the Mad）继承卡斯蒂利亚王国王位。神圣罗马皇帝马克西米利安一世的儿子腓力一世以胡安娜的王夫的身份，和岳父斐迪南一起监国。1516年，斐迪南病逝后，胡安娜和腓力的儿子，勃艮第公爵查理（西班牙语名：卡洛斯；德语名：卡尔，也就是后来的查理五世）继承西班牙（卡斯蒂利亚和阿拉贡）王位，是为卡洛斯一世，其后于1556年将西班牙王位让与其子腓力二世（Philip II），并废除了腓力及其后裔继承奥地利爵位的权利，正式揭开了西班牙哈布斯堡王朝的序页。
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