杀心已经起了，谁还能让你带兵进城，万一这些兵马只听你的命令呢？万一你想当董卓呢？谁敢保证！
与此同时，礼部尚书温体仁上密疏弹劾袁崇焕通敌……只能说温体仁不愧是混官场的，朱由检的心思被他摸得透透的，恰准时间把借口递了上来。
同年12月初一，朱由检再次召见袁崇焕、满桂、祖大寿等人，这次朱由检不客气了，上来就是一通斥责，随后让锦衣卫把袁崇焕逮捕入狱。
袁崇焕被捕下狱后，祖大寿被吓坏了，大家一起见的皇帝，现在老大被抓了，下一个会不会就是我?
别说皇帝还要依靠自己打仗的话，袁崇焕前几天不还跟后金军队大战，现在在哪里?牢里啊！
祖大寿惹不起，祖大寿躲得起，祖大寿见势不妙直接开溜，带着关宁铁骑就是一路狂奔。
崇祯傻眼了，猜测瞬间成为现实，这些兵马居然真的不听他这个皇帝的话，怎么办?皇太极还在关内呢？
关键时刻，他哥哥的老师孙承宗出现了，主动请缨前往追回关宁军，朱由检对此倒是挺放心，立刻准了。
祖大寿跑啊跑，跑啊跑，没跑多远就听到后面一阵马蹄声，正想让人戒备呢，一转身，咦，有点眼熟。
再仔细一瞅，妈耶，老领导来了！赶紧就停了！
经过孙承宗一番耐心开导，“温柔”劝说，祖大寿终于又带着军队返回，协助京城兵马打击后金军队。
没办法，这是老领导……当然，官大并不重要，重要的是他的声望很大，袁崇焕当年也仅仅只是孙承宗麾下一将而已。
加上孙承宗热爱提拔后辈，辽东军队里不知道有多少人受过他的恩惠，祖大寿要是不停下，或者带人冲向孙承宗，等待他的或许就是身边人砍过来的刀子。
关宁军返回后，朱由检以梁廷栋、满桂为文武经略，替代袁崇焕领军。
同年12月17日，朱由检命满桂出击永定门外的后金大军，一番激战后，那个热爱砍人头，努力攒钱的满桂阵亡。
但，经过这数次大战，皇太极也清楚的认识到，靠自己手下这点兵力是拿不下北京城的，于是在留下表达议和之意的书信后，再次烧杀抢掠一番，就带着抢掠来的物资，人口撤军退回关外了。
崇祯朝的己巳之变是继嘉靖朝庚戌之变后，明朝京城受到的又一次重大威胁，朱由检对此非常愤怒，大力追究涉事官员的责任。
于是兵部尚书王洽死于狱中，蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞、总兵张士显等文武大员被杀。
崇祯三年8月，朱由检数落袁崇焕数项大罪，把他凌迟处死。
袁崇焕死后，曾经支持他的钱龙锡、韩爌遭到弹劾，相继去职，李标、成基命虽然继任首辅，但也没干多久就相继辞职了。
东林党的势力也因此一落千丈，周延儒、温体仁入阁主政。
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