公元1198年，朱熹以年近七十，提出退休，第二年，宁宗批准同意。公元1200年，七十一岁的朱熹在持续的“庆元党禁”中逝世。
公元1202年，宁宗下诏：“朱熹已经退休，拜授华文阁待制，赐予退休恩泽。”韩侂胄死后，又下诏赐予朱熹遗表恩泽。公元1210年，宁宗赐朱熹谥号为“文”。不久赠中大夫，特赠宝谟阁直学士。
公元1227年，朝廷赠朱熹太师，追封信国公，后改封徽国公。
公元1241年正月，朱熹与周敦颐、张载、程颐、程颢享祀孔子庙，被后世尊称为朱子。他的理学思想，成为元、明、清三朝的官方统治思想。
朱熹着述甚多，有《周易本义》、《周易启蒙》、《四书章句集注》《太极图说解》《通书解说》、《楚辞集注》等。其中《四书章句集注》成为后世钦定的教科书和科举考试的标准。
佐料：宋朝官职中，有“宝谟阁”直学士，“华文阁”待制，“焕章阁”学士等，这些是什么官职，怎么有这么多阁？对此《宋史.职官二》有详细介绍。
诸阁“学士”、“直学士”、“待制”是宋朝百官之外，另外加封的官职名称，为的是激励有品行道义和有文学才能的人。“学士”、“直学士”作皇帝顾问；“待制”参与论事，负责校勘文书，几乎没有实际职事。但职位却很荣耀，对他们的挑选要求也很苛刻。
宋代有龙图阁（太宗）、天章阁（真宗）、宝文阁（仁宗、英宗）、显谟阁（神宗）、徽猷阁（哲宗）、敷文阁（徽宗）、焕章阁（高宗）、华文阁（孝宗）、宝谟阁（光宗）、宝章阁（宁宗）、显文阁（理宗），各阁分别收藏括号里各皇帝的御制、御书、御集、圣制、宝瑞等。
各阁置“学士”、“直学士”、“待制”等官，唯有天章阁另设“侍讲”。“学士”为正三品，“直学士”为从三品，“待制”为从四品，“侍讲”为正七品。
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