作为首辅，申时行自然是要以维护朝廷的稳定为出发点，从太子去年开始推行相关的新政措施以来，申时行就在通过各种渠道和相关地方的督抚商量此事，要求他们想方设法帮助太子推行新政，在南直、浙江等身份，由于申时行在当地的影响力还是比较大的，同时从朱载坖即位以来，就是一直在加强对于浙直的控制，这些地方的官府也相对比较得力，同时这些商贾们很清楚，凡事和朝廷硬扛是没有好下场的，申阁老是好言相劝，要是换了朱载坖，那恐怕就没这么善了。
但是在闽粤等地，申阁老的话显然没有这么管用了，因为这些地方之前不是朝廷重点打击的对象，而且在之前就是走私猖獗的地方，对于官府、朝廷，缺乏敬畏，也不信任，朝廷的政策很难在当地推行。
其中非常典型的就是福建的漳州，这里民风剽悍，官府难治，漳州历来是民风强悍的地方，早在宋元时期，这里就有 “畲蛮” 的活动，宋廷只能对其放任自流，以不治而治之。前元漳州发生过着名的陈吊眼起义，当蒙古大军横扫亚欧大陆之际，是陈吊眼这个微不足道的漳州山民最早起来反抗前元的残暴统治，从此中国各地民众的反抗浪潮接连不断，最终推翻了前元的统治。
而即便是大明建立后，漳州仍是民众不断起义的地方，在元代形成的各类武装隐藏于山区和沿海，经常袭击大明的官军，可以说，大明对漳州的统治很不稳固。在这一背景下，大明之前的海禁政策在漳州无法推行。当地民众不管不顾，自行下海贸易，形成了私人海上贸易集团。
申时行不由得感叹道：“东南滨海之地，以贩海为生，其来已久；而闽为甚。闽之福兴泉漳，襟山带海，田不足耕，非市舶无以助衣食；其民恬波涛而轻生死，亦其习使然，而漳为甚。至于朝廷法度，向所轻视，官府无能，至于今日。泉、漳等郡，僻处海滨，田受咸水，多荒少熟，民业全在舟贩，赋役俯仰是资。漳泉恶俗，童男幼女，抵当番货，或受其值而径与其人，而赚得其货，或委身而甘为赘婿，或连姻而籍以富家，番华交通，一至此甚。”
这点陆光祖当然也是知道的，陆光祖就说道：“况漳泉风俗，嗜利通番，今虽重以充军死之条，尚犹结党成风，造舡出海，私相贸易，恬无畏忌。今日通番接济之奸豪，在温州者少，在漳泉为多。”
除了福建的漳州、泉州之后，还有两广的惠、潮等地，都是走私贸易和海盗频发的地方，虽然朝廷屡加征缴，但是他们为了利益，甘冒奇险，这就导致这些地方本身就和官府的对抗情绪很高，尽管朝廷已经不再禁海，但是这些商人仍旧不愿缴纳关税，甘冒奇险，走私犯禁，同时由于一些大明朝廷所禁榷的物资价值极高，他们也都敢于买卖，所以一向是朝廷的重点打击对象。
不过他们在地方确实很有势力，依赖海上贸易所赚取的钱财，和当地的宗族势力，他们可以对抗官府，使得朝廷的政策无法推动，所以两广官府也是十分无力，在回复申时行的庭寄中，新任巡抚广东都御史石昆玉向内阁汇报：“窃忧夫潮有盗而无民矣，潮岂无民，民将尽化而为盗也。屠城破邑之魁，皆腰犀盖黄之贵。子女玉帛，惟其意也？睚眦生杀，惟其命也。富贵于是乎出，功名于是乎出。肆志快欲，亦于是乎出。民不为盗，而谁为乎？”
石昆玉对于惠、潮等地的情况做了调查之后是极为不乐观的，在给内阁的庭寄中，石昆玉不无悲观的说道：“惠潮二郡，依山傍海，外则海盗肆虐，内则土寇交讧，汹汹而俶扰者，考诸志乘，代不绝书。惠州陆交错，山谿深阻，狐鼠潜踪其中，沿海各区远接重洋，近连香港，边防所在尤重焉。潮州皆阻山带海，而最为险害者，程乡之径，饶平、惠来、澄海之澳港，平远之隘。山峒葱郁，海涛喷薄，或连闽、越，或通广、惠，此诚难制也。言天下之险绝者，莫过于山矣；言天下无容力者，莫过于海矣。广之寇东通漳、汀，北连雩、赣，西迄郴、桂，抵于湖南，往来出没莫测其境，是故二广者，山寇之薮也。溟渤巨浸，渺无津极，环接诸岛，风翔潮游，舟楫匪力，是故二广者，海寇之汇也。”
这使得申时行也极为痛苦，石昆玉素称干吏，抚治苏州，都能够得心应手，但是对于广东，却显得力不从心。山海交织的地理形势为海盗的肆虐提供天然的舞台，而本朝惠潮逐利的民风更是为这一舞台输送了大量的演员。甚至之前有在惠、潮任职的官员认为：惠潮勇悍、嗜利的风气，皆生于形势，风气之恶，不可以教化怀服。盖自秦汉而己然矣。
新任巡按广东御史袁可立也在庭寄中向朝廷和内阁汇报了本地的情况：“惠、潮俗悍贽贪顽，不必财物丰多，但杀一人可得五钱，则欣然以为胜屠一豕。自潮州沿海而下，千有余里，半以攘夺为生涯，水务习熟，往来如飞。百粤之民，喜于为盗，见利如羶，杀人如饴，其天性也。余阅狱牒中，有仅以数镙而谋杀人者，有以斗粟而行劫者。至于掳人勒赎，尤是常事。或禁之船中，或圄之地窖，或幽之密室，意其能识认者，则蒙其首而去，公然揭示于通衢而索之金钱。饱其意，则人可生还；稍不满意，多有财命俱丧者。或掳人家女子，则群盗聚而奸之，赎不满意，竟售之他乡去矣。又有劫人尸棺而勒赎者，其事尤可怪矣！”
这些地方，民风剽悍，所谓大商贾和大海盗，其实就是一码事情，难以治理，确实是极为头痛的事情。
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