为了以防万一，在送走侯恂一行之后，胡文霆安排了两名亲兵快马加鞭赶往京城，通知秋萍等人在近期一定要加强安保工，以免那些勋贵家庭在无法对自己实施报复的情况下，迁怒到自己的家人头上去。
随后，他又安排军中的文书按照自己的口述，向朱由检递了一份奏折，把这次杀人事件的来龙去脉详细说了一遍，也让人快马加鞭送往京城。
办完这几件事之后，胡文霆就专心的投入到对通州军的整顿工作当中去了。
在当天晚上，就陆续有人找到了胡文霆从回隆镇调过来负责各营整训工作的军官头上，表示自己无法胜任目前的工作，要求辞去当前的职务并离开通州军营。
在第二天早上，胡文霆接到相关汇报之后，胡文霆指示道：“没问题，只要他们把这几年领的军饷给退回来之后，就可以来去自由了。”
鉴于头天的血腥事件还历历在目，这些人也没敢多说什么，都乖乖把钱给交了，然后，灰溜溜的离开了通州大营。
由于此时已经是崇祯五年六月时分，正是高温时刻，也许是怕时间长了之后，尸体会发生腐烂的缘故吧。京城的那些勋贵家庭暂时也没多找胡文霆麻烦，同样也是乖乖的把钱给交了之后，然后一些人哭哭啼啼的把相关尸体给领了回去。
在一些外人的印象当中，这次通州军营事件，似乎就这么悄无声息的过去了，胡文霆依旧在军营中忘我的忙着他的一些相关工作。
过了一段时间之后，胡文霆才陆续得到一些相关的消息，事实上，事情并不象表面看起来那么平静，那些勋贵家庭也曾联合起来到朱由检面前告过胡文霆的状。
而朱由检在听完这些人告状之后，只是淡淡的对他们说道：“你们的祖上大多都是武将出身，对军中的纪律应该比朕还要清楚，在军中，对于怒其主将，不听号令的行为应该得到什么样的处罚，不用朕再对你们说一遍吧？
胡爱卿之所以能带兵在辽东战事上屡有建树，这应该同他严格的执行军纪有关。因此，你们不仅不应当在这件事情上再继续纠缠下去，而且还应该多向他学习带兵打仗的本领，争取有朝一日，也能像他一样在沙场上建功立业，把你们祖上曾经的荣耀再次给发扬光大。
再说了，那些人也并不是你们真正的家人，只不过是你们一些小妾的兄弟罢了，你们犯得着为了这么一点小事，却要跟朕非常看重的一位爱卿过不去吗？
大不了等以后胡爱卿来京城的时候，朕跟他说说，让他再给你们一结补偿就是了。好了，此事就到此为止，不许再提了。”
这些勋贵们在朱由检那时碰了一鼻子灰之后，又想着再从一些朝廷官员那里打主意。结果，侯恂也不知道是出于什么想法，这次居然完全站在了胡文霆的一边，他表示大明的军队中，确实需要胡文霆这样铁面无私，严格执行军纪的将领。因此，他不能用滥杀无辜这个理由来对胡文霆进行参劾。
于是，在没有外界干扰的情况下，胡文霆用了不到一个月的时间，就很顺利的完成了整军工作。
在裁汰了近两千名的老弱士兵之后，胡文霆把通州军由原来的六个营整编为五个营，每个营还是三千人，原先来自通州范景文身边的那几名人员，胡文霆把他们都安排到副营官的位置上，主要负责军队训练以及军纪整顿方面的工作。
胡文霆还事先从整个通州军中挑选出了近千名训练成绩突出，并拥有一技之长的人员，组成了一支特别的队伍，准备带到回隆镇去进行特训，争取把他们训练成一支战斗力特别强悍的特种部队。
七月初，胡文霆带着近两千人马，并带上小姨子林慧，浩浩荡荡的回到了回隆镇。
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