简单来说，暗部和根部之间的根本区别就在于，暗部的忍者不会执行任何针对火影的背叛命令，但根部的成员却会毫不犹豫地听从团藏的指令，甚至不惜走向黑暗的深渊。
此外，无论是暗杀、审问还是保护等任务，暗部和根部之间并没有太大的区别。
暗部的成立初衷就是在关键时刻给予敌人致命一击，而根部则在团藏的铁腕领导下，变得更加专注于暗杀这一领域，其冷酷无情甚至超出了暗部最初的设想。
不仅如此，暗部和根部的着装也极其相似，几乎无法区分，他们都身穿黑色的背带服饰，佩戴着遮住面容的面具，身披宽大的风衣斗篷，随时随地都能融入黑暗之中，去完成那些不为人知的秘密任务。
然而，在这相似的外表下，暗部与根部的精神内核却迥然不同。
暗部的忍者们，他们是自愿为了木叶的安宁而舍弃自我，他们的牺牲是出于对村子的热爱和对火之意志的信仰。
而根部的成员，他们则是在团藏的操控下，彻底摒弃了个人的情感与判断。
他们如同被剥夺了灵魂的傀儡，只知道机械地执行命令，他们的世界，只有服从与死亡，人性在这里已经被剥离得所剩无几。
根部的真面目被隐藏得很深，只有寥寥无几的几个大忍族的高层才能够揭开这层面纱。
而对于绝大多数忍者来说，"根部"只是一个流传于人们之间的传说罢了。
卡卡西，这个被誉为木叶村绝世天才的年轻忍者，如今已经成为一名队长，他的名字在整个忍界都熠熠生辉，如同一颗耀眼的明星，散发着令人难以企及的光芒。
但即使是如此天才的他，对"根部"的认识也只限于那些模糊不清的传闻。
然而，命运的齿轮开始悄悄转动，就在一次看似平常的任务中，在那次任务接近尾声的时候，卡卡西无意间发现了"根部"基地的一丝踪迹。
此时，他的目光牢牢地锁住了那扇通向未知黑暗的门扉，仿佛在那深处藏有无尽的秘密等待着他去探索。
卡卡西的内心里的愤怒和理智在其中不断交锋，此消彼长。
理智告诉他，仅凭个人力量去刺杀团藏简直就是飞蛾扑火、自寻死路。
但是，情感却让他无法平静，当他站在光希的床前时，看到那个曾经充满活力和希望的人现在变得如此苍白虚弱，他的心像被千万只蚂蚁啃噬般难受，再也抑制不住那股汹涌澎湃的怒火。
终于，这个机会来了，他得到消息称今天团藏将会派出大部分根部成员去执行一项重要任务。
这对他来说绝对是个绝佳的机会！
因为这意味着根组织内部的防御会相对较弱，他可以趁虚而入。
他决定孤注一掷，用自己的方式去完成这场复仇。
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