京城之内战斗打响的同时，京城内的战斗也全面展开。天策门发来的信号之后，西军的人马立即向天策门方向发起进攻，但却被刘铭传的人马阻挡不前。
而程学启部却趁虚拿下湘王府，将曾国一家老小尽数擒获。与此同时，埋伏在城中的各处东军先发制人，迅速的抢占了西军文官武将的府邸。
而从上海赶来的训导师一个团则抢占了江岸数处渡口，使得集结在北岸的数千西军无法渡河。
曾纪泽在杀了湘王曾国荃后，取其人头悬于天策门之外，并同时对外宣布了湘王多般罪状，以皇帝的命义下旨，只要西军各部放弃抵抗，朝廷将概不追究，否则，但凡继续参与抵抗者，将按照叛乱罪论处，诛灭九族。
西军上下见曾国荃人头落地，战斗之心立马凉了半截，再得知朝廷恩威并施的旨意之下，除了少部分死忠的党羽之外，大部人马立时土崩瓦解，有的怕秋后算账，逃出了京城，有的心惊胆战，窝在家里不敢出门。
其余尚未抵京西军，听闻湘王死讯和朝廷旨意，同样是一哄而散，各将率兵自归原地，一边向朝廷上表以表忠心，一边又看形势而动。
在南京兵变后的第二天，纪泽已经全面控制了南京城，大批的东军源源不断的调入，以加强南京周围的防务。同时，他再以皇帝的名义下旨，安抚城中的西系人马。
三天之后，皇上下旨，宣布太子监国，总理军国大事，曾纪泽以监国名义下旨，将全国军队营一级以上军官官衔提升一级。同时，将全国有爵位者提升一级，如李鸿章苏州侯，却被改封为闽国公，刘铭传的伯爵被加封为了侯爵。
关键之处就在于，这样大规模的官进爵不局限于东军，同样也囊括了北军与西军，如此一来，无疑给这些惶惶不可终日的家伙们打了一针安定。
江南数省紧绷的局势，很快就平伏下去，各地的西系文武们都在庆祝自己加官进爵然忘记了对他们“恩重如山”的湘王则已命丧黄泉。
当然，也有不识务者，如江西的提督李保全，此人便公然树起“勤王”大旗，占据南昌城召天下兵马入京为湘王报仇。
尽管响者寥寥无几，但曾纪泽也不敢轻视，迅速的做出了应对。他勒令福建的陈庆国部迅速北上，三天之内兵临南昌城下，打了李保全一个措手不及，几个小时便攻下了南昌城杀李保全及其反众四千余人。
为了杀鸡儆猴，曾纪泽授意陈庆国对南昌城进行了清洗，将叛众军属及南昌地富户近五万余人统统坑杀。在恩威并济、军事打击与政治利诱的双管齐下之下，反抗之声很快便销声匿迹。
一个月之后当朝廷内外的形势基本稳定之后，曾纪泽便利用他监国的权力始了全国范围内的军队整编。
首先，他将全国军队缩减到三十万人三十个师，其中二十六个步兵师、一个炮兵师、一个空军师、一个海军陆战师，以及海军两万人。
其中，西军裁撤二十万人，只留下九万精壮，北军基本裁撤殆尽，只留三万人马，东军不缩反增，由原来的十万增加到十八万。
将大明分为五大军区，其中北京军区，驻扎六个步兵师，主要针对尚未统一的关外满洲、外蒙古，以及蠢蠢欲动的沙俄。
成都军区五个师，维护西部一带的稳定，对新疆、西藏地区的少数民族贵族统治者形成威慑，并为下一步中央军进入该地做准备。
广州军区四个师，负责西南数省、南中国海的防务，以及对越南形成军事威慑，应对法国人对该地区的染指。福州军区三个师，主要对台湾左氏割据势力形成威慑。
上海军区四个师，因该地为大明关贸重镇，是大明工业主要集中地，又是东海舰队的大本营，外国势力在此地影响巨大，故以四个师的兵力，保持明军在上海的军事优势。
南京军区八个师，是五大军区军事实力最强的一大军区。
曾纪泽并不打算玩什么重内虚外、强干弱技的宋朝手段，同样也不会重蹈唐王朝“精兵猛将聚于边陲”的内轻外重错误，但南京作为帝国首都，在中国这样帝制的国家体制之下，维护首都的一定军事威慑力，对维护国家稳定，朝野内外形成军事平衡还是十分必要的。
各军裁减之后，大部分军官，朝廷都发给了他们一笔数额可观的“退伍金”，少部分则分配到一些无举轻位，让他们做些闲散工作。
军官们靠战争发了财，即使是退伍还乡也是去享富贵，但普通士兵们就等是被断了财路，这本来是裁军工作中的巨大难题，但是，残暴的曾国恰好为曾纪泽解决了这个问题。
曾国对屠川行动，消灭了那里将近三分之二的人口，天府之国变成了千里无鸡鸣的不毛之地，但同时，也人为的制造了大面积的无主耕地。
而西军主力在平定四川叛乱之后，大部分尚未撤走，于是曾纪泽便让他们就地转兵为农，在官府发放少量的退伍金的同时，将大片大片的土地免费赠给这些士兵。
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