随着收集的秩序火种增多，原初熵影的感知也愈发强烈。在前往第四处信号源的途中，星舰遭遇了由熵能构成的“维度风暴”。风暴中，空间被折叠成克莱因瓶的形态，时间则呈现出环状循环。林晚的终焉之瞳在风暴中几乎失明，但她凭借着对命运织梭的感应，找到了风暴的薄弱点。陈默驾驶飞船以极限速度冲向薄弱点，苏砚则用调和器稳定飞船的量子态。在千钧一发之际，他们成功穿越风暴，却发现第四枚火种被藏在一个反物质星球的地心。
反物质星球的引力场极其不稳定，星舰无法靠近。林晚将命运织梭与前三枚火种的力量融合，形成能中和反物质的“秩序屏障”。陈默穿着特制的防护服，携带调和器的能量探针前往星球表面。在挖掘过程中，他们遭遇了守护火种的“熵晶巨像”，巨像的每一次攻击都能引发正反物质湮灭。苏砚在星舰上远程支援，通过调和器调整能量探针的频率，最终成功激活了火种。
然而，当他们收集到第五枚火种时，织命者议会的残余势力发动了总攻。无数艘由熵能驱动的战舰从各个维度涌现，这些战舰的武器能将物质直接转化为熵能。林晚、陈默和苏砚将五枚火种的力量全部注入星舰，命运织梭与调和器的融合体爆发出耀眼的光芒，形成能净化熵能的“万象净世炮”。在激烈的战斗中，他们发现织命者议会的首领——一个已经完全熵化的观测者，正在操控着一个能吸收所有秩序力量的“熵渊黑洞”。
为了摧毁熵渊黑洞，林晚决定冒险进入黑洞核心。她将命运织梭交给陈默和苏砚，自己独自踏入黑洞。在黑洞的深处，她看到了原初熵影的部分记忆：在宇宙诞生之初，熵影与秩序之灵本为一体，因宇宙的一次剧烈震荡而分裂。熵影从此陷入对秩序的疯狂破坏，试图重新回到最初的混沌状态。林晚在记忆的冲击下，险些迷失自我，但她凭借着对文明的守护信念，找到了熵渊黑洞的核心弱点——一个由织命者意识构成的控制中枢。
她用最后的力量摧毁了中枢，熵渊黑洞开始崩塌。与此同时，陈默和苏砚驾驶星舰用万象净世炮摧毁了织命者的舰队。但在战斗的尾声，原初熵影的本体终于完全苏醒，它的形体超越了所有维度的认知，每一次呼吸都能引发宇宙级别的熵增。林晚从黑洞中返回，与陈默、苏砚汇合，他们将六枚秩序火种与命运织梭、调和器彻底融合，准备迎接与原初熵影的最终决战。而此时，距离那场足以撕裂时空的爆炸，只剩下不到两小时......
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