然而，就在联盟积极准备应对潜在威胁的时候，一些奇怪的现象却在联盟内部悄然出现了。
在联盟的一座农业城市里，种植着大片大片的新型农作物。原本这些农作物一直生长得十分茁壮，产量也很可观，为联盟提供了充足的粮食保障。可最近，农户们却发现，部分农作物开始出现了变异的迹象。原本饱满的麦穗变得干瘪，而且表面长出了一些黑色的斑点，像是被什么腐蚀了一样。蔬菜的叶子也开始卷曲发黄，有些甚至还散发着一股淡淡的腐臭味。
农户们焦急地向联盟汇报了这个情况，科研人员迅速赶到现场进行调查。他们采集了土壤样本、农作物样本，带回实验室进行分析。经过一番检测后，发现土壤中的营养成分并没有明显变化，但却检测到了一种微量的、类似于在神秘遗迹中发现的黑暗能量残留。
“这怎么会出现在这里呢？” 科研人员们面面相觑，心中充满了疑惑。
与此同时，在联盟的一个能源供应站，负责维护设备的工作人员也发现了异常。一些原本运行稳定的能源转换装置，开始出现间歇性的故障，能量输出变得不稳定，时不时还会发出一些奇怪的电磁波动。技术人员对设备进行了全面检查，却没有发现硬件上有什么损坏的地方，同样在设备周围也检测到了那股可疑的黑暗能量残留。
林宇得知这些情况后，眉头皱得更紧了，他意识到问题可能比想象中还要严重。如果这种黑暗能量已经渗透到了联盟内部的各个关键领域，那后果不堪设想。
他再次召集众人开会，科研人员将检测结果详细地汇报了一遍。
“看来咱们之前的担心没错，那股黑暗能量并没有因为遗迹里能量源的摧毁就彻底消失，它还在暗中影响着我们。” 林宇表情凝重地说道。
“可是它是通过什么途径传播到这些地方的呢？咱们之前并没有发现有什么异常的入侵迹象啊。” 一名军事将领疑惑地问道。
墨尘思索了一下，说道：“会不会是当时在遗迹里战斗的时候，有一些携带黑暗能量的微小粒子或者能量波动，附着在了我们身上或者我们带回来的东西上，然后慢慢扩散开了呢？”
大家觉得墨尘的推测有一定的道理，林宇当即决定，一方面对联盟内部所有可能受到影响的区域进行全面排查，寻找黑暗能量的传播源头；另一方面，让科研团队加快研发能够检测和清除这种黑暗能量的设备及方法。
于是，一场针对黑暗能量的内部排查行动在联盟全面展开。士兵们和科研人员组成的小队，深入到城市的各个角落，工厂、医院、学校、居民区等等，一处都不放过。他们手持特制的能量检测仪器，小心翼翼地检测着每一个地方的能量波动情况。
在排查过程中，果然又发现了一些新的被黑暗能量污染的区域。比如一所学校的图书馆，一些古老的书籍上竟然也沾染了黑暗能量，书页开始变得脆弱易碎，上面的文字也仿佛被一种无形的力量侵蚀，变得模糊不清。还有一个居民区的供水系统，水中也检测出了微量的黑暗能量，虽然暂时还没有对居民的健康造成明显影响，但这无疑是一个巨大的隐患。
科研团队这边，经过不断地试验和研究，终于有了一些进展。他们成功研制出了一种小型的黑暗能量探测器，这种探测器能够精准地定位黑暗能量的存在位置，并且通过发出特定频率的能量波，对其进行初步的干扰和标记，方便后续进行清除工作。
同时，他们还在尝试研发一种能量净化装置，这种装置可以收集并中和黑暗能量，将其转化为无害的普通能量。不过目前还处于实验阶段，效果还不太稳定。
就在联盟忙于应对内部黑暗能量问题的时候，墨尘那边又传来了一个令人震惊的消息。
在一个偏远的海边渔村，渔民们发现海平面出现了异常的上升，而且海水的颜色变得浑浊灰暗，散发着一股刺鼻的腥味。更可怕的是，海里的一些生物开始发生变异，原本温顺的鱼类变得极具攻击性，长着尖锐的牙齿和长长的触手，它们会主动攻击靠近海边的船只和渔民。有些渔民在出海捕鱼的时候，遭遇了这些变异生物的袭击，船只被撞得粉碎，不少人因此丧生。
墨尘带领情报小队赶到渔村后，经过一番调查，发现海边的一座古老灯塔似乎有着不寻常的能量波动。这座灯塔年代久远，塔身已经斑驳破旧，但此刻却隐隐散发着一种和神秘遗迹里相似的黑暗气息。
“看来这里也和那股黑暗能量有关啊。” 墨尘皱着眉头说道。
他们小心翼翼地进入灯塔内部，发现灯塔的地下室里有一些奇怪的石刻壁画，壁画上描绘着一些形似恶魔的生物从海底涌出，将大地笼罩在黑暗之中的场景。在壁画的旁边，还有一个散发着黑色光芒的水晶球，不断有丝丝缕缕的黑暗能量从水晶球中飘散出来，融入到周围的环境中。
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