暴风雪席卷北海道，11号与凯伦搭乘雪见号雪地列车潜入札幌，伪装成铁道检查员与澳洲游客。列车经停函馆站时，两名东南亚雇佣兵登车排查，11号以抱怨暖气为由遮挡监控，凯伦用夸张的澳洲口音聊天转移注意力，成功化解危机。目标锁定"紫电温泉旅馆"——这座表面经营日式温泉的建筑，地下二层竟是囚禁五百具变异尸体的冷冻舱，阮文雄化名"山本健二"，以居合道练习掩盖基因实验，肩上的鹦鹉查理脚环藏着实验室密钥。
札幌雪祭成为情报突破口。11号在后山神社拦截被迫参与"紫电计划"的松本莉奈，以其女儿被绑架的秘密为切入点，换取写有"病毒怕强光"的关键纸条；凯伦在雪祭故意撞翻前自卫队爆破专家佐藤武夫的雪雕，趁乱植入追踪器，助11号夜袭其房间，以冷冻枪逼问出通风管道弱点。温泉旅馆的茶室刺杀中，11号伪装成服务生撒播迷药，却因查理啄破血清瓶暴露身份，与阮文雄刀兵相向，最终破窗而逃。
实验室渗透在周四通风系统检修时展开。11号从温泉池樱花浮雕后的通风口潜入，因血清泄漏导致嗅觉失灵，未能察觉瓦斯陷阱。爆炸引发冷冻舱解锁，变异体涌入温泉区，游客惊慌逃窜。11号在施救时误触电泵开关，漏电导致三名游客死亡，其中一名被变异体抓伤的小女孩最终感染紫电病毒。凯伦炸开紧急出口强行撤离，身后旅馆燃起大火，病毒随高温汽化形成紫色烟雾，露娜监测显示至少五百人暴露在污染区。
安全屋中，11号陷入深深自责，面对莉娅递来的热可可喃喃自语："我与制造病毒的疯子无异。"戴安娜诊断其触发创伤后应激障碍（PTSD），强制暂停任务并安排至京都休养。临行前，凯伦擦拭破冰斧上的血痕，望着札幌夜空飘起的紫色雪花——阮文雄的尸体离奇失踪，查理鹦鹉的尖啸回荡在废墟上空，暗示阴谋仍在延续。
京都岚山的竹林小径，身着深色和服的11号接住飘落的樱花，掌心却浮现北海道小女孩的幻影。远处寺院钟声悠扬，他腰间的木制短刀挂着粉色丝带，那是小女孩最后的遗物。雪国的噩梦暂告段落，可掌心的疤痕与灵魂的阴影却再难愈合，下一场战斗的号角，或许将在樱花与血污共舞的京都悄然响起。
从科罗拉多的极光到北海道的紫雪，11号的每一步都踩在生死边缘。当基因武器的阴霾借由人性的贪婪扩散，当正义的刀刃不得不沾染无辜者的鲜血，这场跨越雪山与樱花的追击，早已超越简单的善恶对决，成为人类在科技狂潮中守护良知的最后挣扎。而那抹挥之不去的紫色，既是病毒的荧光，亦是照见人性深渊的明镜，映照着每个涉足其中者的灵魂抉择。
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