夏季六月，代王拓跋什翼犍的妃子慕容氏去世。秋季七月，刘卫辰前往代国参加葬礼，趁机请求通婚，拓跋什翼犍把女儿嫁给了他。
八月辛丑日初一，发生日全食。
谢安年轻时就有很高的名声，东晋朝廷前后多次征召他为官，他都没有就任，一直在会稽居住，以游山玩水、研读典籍自娱自乐。虽然他是平民百姓，但当时的人都期望他能担任三公、辅相一类的高官，士大夫们甚至相互议论说：“谢安不出来做官，百姓该怎么办！”谢安曾经到东山漫游，常常让歌女舞妓跟随自己。司徒司马昱听说后，说：“谢安既然能和别人一同享乐，就一定不能不与别人一同分担忧患，征召他，他一定会来。”谢安的妻子，是刘惔的妹妹，看到谢家门第尊贵兴盛而谢安独自隐居退避，对他说：“大丈夫不应该这样隐居啊？”谢安捂着鼻子说：“恐怕终究免不了要做官。”等到弟弟谢万被废黜官职后，谢安才有了做官的志向，当时他已经四十多岁了。征西大将军桓温请求任命谢安为司马，谢安于是接受征召前往就职，桓温非常高兴，对他十分敬重，以厚礼相待。
冬季十月，乌桓独孤部、鲜卑没弈干各自率领数万部众投降前秦，前秦君主苻坚把他们安置在塞南。阳平公苻融劝谏说：“戎狄之人面似人而心似兽，不懂得仁义。他们叩首归附，实际上是贪图土地的利益，并非感念恩德；不敢侵犯边境，实际上是害怕军队的威势，并非感激恩惠。如今把他们安置在塞内，和百姓混杂居住，他们窥探郡县的虚实情况后，一定会成为边境的祸患，不如把他们迁徙到塞外，以防患于未然。”苻坚听从了他的建议。
十一月，东晋朝廷封桓温为南郡公，封桓温的弟弟桓冲为丰城县公，儿子桓济为临贺县公。
前燕太宰慕容恪想任命李绩为右仆射，前燕君主慕容暐不答应。慕容恪多次为此请求，慕容暐说：“各种国家政务，都委托给叔父您，只有李绩（字伯阳）一个人的任命，我请求独自决定。”最终，慕容暐将李绩外调为章武太守，李绩因忧虑而去世。
公元361年
春季，正月戊戌日，东晋朝廷宣布大赦天下。
刘卫辰掳掠前秦边境百姓五十多人作为奴婢，进献给前秦；前秦君主苻坚斥责他，让他归还所掳掠的百姓。刘卫辰因此背叛前秦，专门归附代国。
这时，东晋东安简伯郗昙去世。二月，东晋朝廷任命东阳太守范汪为都督徐、兖、青、冀、幽五州诸军事，兼任徐、兖二州刺史。
平阳郡百姓献出全郡，向前燕投降。前燕任命建威将军段刚为平阳太守，派遣督护韩苞率领军队一同驻守平阳。
方术之士丁进受到前燕君主慕容俊的宠信，想要向太宰慕容恪献媚，劝说慕容恪杀掉太傅慕容评；慕容恪勃然大怒，上奏请求将丁进逮捕斩首。
高昌去世，前燕河内太守吕护吞并了他的部众，派遣使者向东晋投降；东晋朝廷任命吕护为冀州刺史。吕护想带领东晋军队袭击邺城。三月，前燕太宰慕容恪率领五万士兵，冠军将军皇甫真率领一万士兵，共同讨伐吕护。前燕军队抵达野王，吕护环城据守。护军将军傅颜请求加紧攻城，以节省大量耗费。慕容恪说：“这个老贼经历的变故太多了，看他的防守部署，不容易仓促攻破。不久前攻打黎阳，牺牲了很多精锐士兵，最终还是没能攻克，反而自取困窘耻辱。吕护城内没有储备，城外没有救援，我们深挖壕沟、高筑营垒，据守此地，让士兵休息、培养士气，离间他的党羽，对我们来说毫不费力，而敌军的形势会日益窘迫。不超过一百天，一定能攻取野王，为什么要牺牲大量士兵来追求短期内的战功呢！”于是下令修筑长长的包围圈围困野王。
夏季四月，桓温任命他的弟弟、黄门郎桓豁为都督沔中七郡诸军事，兼任新野、义城二郡太守，率领军队夺取许昌，击败前燕将领慕容尘。
前凉骠骑大将军宋混病重，张玄靓和他的祖母马氏前往探望，说：“将军万一遭遇不幸，我们孤儿寡妇将托付给谁呢？想让宋林宗继承将军的职位，可行吗？”宋混说：“我的儿子宋林宗年幼体弱，不能承担重任。殿下倘若没有抛弃我家，我的弟弟宋澄处理政务的能力比我强，只是担心他性情柔弱迟缓，处理紧急事务不能胜任罢了。殿下若能鞭策鼓励他，让他任职，还是可以的。”宋混告诫宋澄和几个儿子说：“我们家蒙受国家大恩，应当以死报答国恩，不要依仗权势地位傲慢待人。”他又会见朝廷大臣，都告诫他们要忠诚坚贞。等到宋混去世，路上的行人都为他落泪。张玄靓任命宋澄为领军将军，辅佐朝政。
五月丁巳日，东晋穆帝驾崩，没有子嗣。皇太后下令说：“琅邪王司马丕，是中兴皇室的正统后裔，道义声望和身份地位，无人能比，应当由琅邪王继承皇位！”于是文武百官准备好皇帝的车驾，前往琅邪王府第迎接司马丕。庚申日，司马丕即位为皇帝，宣布大赦天下。壬戌日，改封东海王司马弈为琅邪王。秋季七月戊午日，将穆帝安葬在永平陵，庙号为孝宗。
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