“君主立宪”理念的发酵与《大陈宪纲》提供的模糊空间，使得改革帝国最高行政机构的议题变得紧迫而现实。
陈远深知，文渊阁 作为目前实际上的宰相机构，其制度源于明代，虽有“票拟”之权，但大学士品级不高，且为皇帝秘书顾问性质，缺乏法定的、独立的行政权力和明确的责任归属。
其运作高度依赖皇帝个人的信任与精力，一旦皇帝怠政或幼弱，极易出现宦官干政或权臣架空的局面。
这与“宪纲”追求的“权责明晰”、“君臣共治”精神不符，也难以有效应对日益复杂的国家治理和新兴的议院政治。
启明二十三年初，陈远在多次小范围征询徐光启、李邦华、赵胜、新任兵部尚书 等核心重臣意见后，决心对文渊阁进行制度化、权力化改革，尝试建立一种带有“内阁负责制”雏形的新体制。
其目标是在维护皇权绝对权威 的前提下，提高行政效率，明确政治责任，并建立与贵族议院的有效沟通渠道。
改革方案以皇帝诏书形式颁布，名为《定文渊阁为内阁，理清权责诏》。
核心内容如下：
1. 正名定分，提升规格：改“文渊阁”为“内阁”，以示其为国家最高行政中枢。
内阁大学士 定额为三至五名，其中一人为“首席大学士”，实际相当于首相。
首席大学士及阁臣，由皇帝从二品以上官员（尚书、都御史、总督等）中特简任命，加“ 殿阁大学士” 衔（如建极殿大学士、文华殿大学士），秩正一品，地位尊崇，与六部尚书同级乃至略高。
2. 明确职权，总揽机务：诏书明确内阁为“佐天子，理万机，总百官”的机构。
其具体职权包括：
行政决策：负责处理全国日常政务，对各省、各部院奏章提出“票拟”处理意见，报皇帝“批红”后执行。
皇帝通常只就最重大事项做出指示，一般政务授权内阁处理。
人事建议：对尚书、侍郎、总督、巡抚 等高级官员的任免，内阁有提名建议权，皇帝最终决定。
对中下级官员，内阁可根据吏部考核进行铨选。
财政审核：户部编制的年度财政预算草案，需经内阁审核、提出意见后，方可上奏皇帝，并提交贵族议院“审议”。
法律起草：重要法律的修订、起草，由相关部院主持，但需经内阁协调、审议，形成草案后，奏请皇帝，并咨送议院。
协调各部：内阁有权召集六部、都察院、大理寺等机构会议，协调政策，解决部门间争议。
3. 引入“副署”与“连带责任”原则：诏书规定，以内阁名义发出的重要政令、人事任免，需有首席大学士 及相关阁臣 的副署，方为有效。
这意味着阁臣需对经手的政令承担政治责任。
若政令失误引发严重后果，皇帝可追究相关阁臣责任，轻则申斥、罚俸，重则罢免。
这初步确立了“责任政府”的理念，阁臣不再仅仅是皇帝的“秘书”，而是有明确权责的“大臣”。
4. 建立与贵族议院的联系机制：诏书要求，首席大学士 及相关阁臣，应定期赴贵族议院，就重大施政方针、财政状况、外交事务等，接受议员质询，并进行说明解释。
议院的重要“咨文”和“弹劾案”，内阁必须认真研究，提出处理意见报皇帝。
这就在行政机构与咨议机构之间，建立了一个正式的、制度化的沟通渠道，使议院能对行政施加一定影响。
5. 保留皇权最终控制：诏书反复强调，内阁的一切权力来源于皇帝，并对皇帝负责。
皇帝保有随时任免阁臣 的权力、否决内阁决议 的权力、就任何事项直接下旨的权力。
皇帝仍是国家最高决策者和最终仲裁者。
诏书颁布后，陈远进行了首届内阁的组阁。
他任命德高望重、精通政务、且支持新政 的徐光启为首任首席大学士（建极殿大学士）。
任命李邦华（武英殿大学士）、新任户部尚书（文华殿大学士）、一位来自南方的开明督抚（东阁大学士）以及一位在议院中较有威望的致仕老臣（体仁阁大学士，荣誉性质）为阁臣。
这个班子兼顾了资历、能力、地域、与议院关系，平衡了各方势力。
新内阁的运作，很快展现出与传统文渊阁的不同：
效率提升：有了明确的职权和分工，日常政务处理速度加快，皇帝得以从繁冗琐事中部分解脱，更专注于战略决策。
责任明晰：“副署制”使得阁臣在决策时更加慎重，因为他们的名字将与政策后果绑定。一些以往推诿扯皮的现象有所减少。
与议院互动：徐光启等阁臣定期赴议院接受咨询，虽然过程不乏激烈辩论，但使得议院能更深入了解政府运作，其意见也能更直接地反馈到行政核心。
一些合理的批评和建议，内阁也会采纳并调整政策。
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