雍正二年春，青海湖畔的残雪尚未消融，平定罗卜藏丹津叛乱的捷报已传遍朝野。清军收复青海全境后，年羹尧率部驻守西宁，一面肃清叛军残余势力，一面遵雍正帝谕旨，筹划青海的长治之策。此前，青海虽名义上归属清廷，却始终由和硕特蒙古诸部自治，中央政令难以渗透，终致罗卜藏丹津叛乱。雍正帝深知，若不改变旧有的治理模式，设立常设行政机构，青海的稳定便无从谈起，“设府置厅、直接管辖”成为巩固青海统治的唯一选择。
“大人，这是属下拟定的青海行政区划草案，请您过目。”幕僚捧着一份文书，呈递给年羹尧。彼时年羹尧正站在西宁城楼上，望着广袤的青海草原，神色沉凝。草案中，提议废除蒙古诸部世袭自治，将青海划分为府、厅、卫，委派流官治理，同时保留蒙古札萨克制度，安抚蒙古部落。
年羹尧接过草案，逐字审阅，指尖在“西宁府”“碾伯厅”“大通卫”等名称上停留许久。他深知，这不仅是行政区划的变革，更是对青海治理模式的彻底重塑，必然会触及蒙古、藏族部落首领的利益，阻力不容小觑。“草案大体可行，但需兼顾蒙古、藏族习俗，不可操之过急。”年羹尧缓缓开口，“传我命令，先派人前往蒙古诸部、藏族部落，宣讲设府置厅的好处，安抚部落首领，再将草案修改完善后，上报陛下定夺。”
使者分赴青海各地，向蒙古札萨克、藏族活佛、部落头人传达清廷的治理方略。起初，不少部落首领心存抵触——蒙古诸部世代自治，不愿受流官约束；藏族活佛担心宗教特权被削弱，暗中煽动信徒反对。青海东部的蒙古郡王额尔德尼，公开表示：“我等世代居于此地，自有章法，无需朝廷派官管辖！”
消息传回西宁，年羹尧并未动怒。他深知，安抚远比镇压更重要。他亲自前往额尔德尼的王府，与之促膝长谈，晓以利害：“郡王，罗卜藏丹津叛乱，皆因诸部各自为政，缺乏约束。设府置厅，并非剥夺诸部权益，而是为了规范治理，避免叛乱再起，让各族百姓安居乐业。朝廷仍会保留您的郡王爵位，您的部落辖地不变，只是需遵奉朝廷政令，缴纳赋税，这对您和部落百姓，都是好事。”
同时，年羹尧对藏族活佛采取“尊教而不纵教”的策略。他前往青海着名的塔尔寺，拜会活佛，承诺清廷将保护藏传佛教的正常活动，修缮寺庙，赏赐活佛金银珠宝，同时明确规定，寺庙不得干预政务、私藏武器、收纳叛匪。活佛见清廷诚意十足，又忌惮清军的实力，最终表示支持设府置厅的举措。
额尔德尼等蒙古郡王见藏族活佛已然归顺，又深知清廷平定叛乱后的威势，也纷纷放下抵触情绪，同意接受清廷的直接管辖。至此，设府置厅的阻力基本消除，年羹尧将修改完善后的行政区划草案，火速上报雍正帝。
雍正帝阅后，龙颜大悦，当即批复：“所拟甚合朕意！准设西宁府，管辖青海东部地区；设碾伯厅、大通卫，分治西宁府周边；设青海办事大臣，驻扎西宁，统筹青海军政事务，兼管蒙古、藏族事务；保留蒙古诸部札萨克制度，由青海办事大臣监督管辖。”
雍正二年七月，清廷正式下令，在青海设立行政机构，推行流官治理。西宁府成为青海第一个省级行政中心，下辖西宁、碾伯二县，大通、贵德二卫，府衙设知府一员，掌管民政、司法、赋税等事务；青海办事大臣由清廷直接任命，位列总督、巡抚之下，专管青海军政及民族事务，直接对皇帝负责；蒙古诸部仍设札萨克，由部落首领担任，管理部落内部事务，但需服从青海办事大臣的管辖，定期向清廷缴纳贡品、汇报事务。
行政机构设立后，首要任务便是整顿吏治。年羹尧遵雍正帝旨意，选拔一批清正廉洁、熟悉民族事务的官员，前往青海担任知府、同知、知县等职。他严令：“青海地处边疆，民族众多，为官者必须善待各族百姓，尊重民族习俗，不得欺压、盘剥，若有贪腐扰民者，一律严惩不贷！”
西宁知府沈廷正，是年羹尧亲自举荐的官员，为人正直，办事干练。他到任后，第一件事便是深入民间，走访蒙古、藏族百姓，了解他们的疾苦。他发现，青海各族百姓因长期受土司、部落首领压迫，又历经叛乱，生活困苦，不少人流离失所。沈廷正立刻上书年羹尧，请求开仓放粮，赈济百姓。
年羹尧批准后，沈廷正亲自前往各州县，监督赈粮发放，严禁官员克扣、贪污赈粮。西宁周边的藏族百姓玛吉，家中因叛乱失去了丈夫和牛羊，生活无以为继，领到赈粮后，热泪盈眶：“感谢朝廷，感谢沈大人，我们终于有饭吃了！”
除了赈济百姓，沈廷正还推行“摊丁入亩”“火耗归公”等新政，将青海的赋税制度与内地统一。此前，青海各族百姓需向部落首领缴纳繁重的赋税，还要服劳役，设府置厅后，百姓只需按土地多少，向清廷缴纳少量赋税，负担大幅减轻。同时，沈廷正规范司法制度，设立县衙、驿站，制定统一的法律条文，严禁部落首领私设刑狱、滥施刑罚，各族百姓若有纠纷，可向县衙申诉，由官府公正裁决。
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