10月12日午后，新华军“新华号”航母指挥中心内，张圣龄的命令正式传达至各路人马：在对东京发起总攻之前，先用三天时间，彻底清剿东京以外泥轰帝国境内所有残余军队，做到不留一兵一卒、不留一枪一弹，彻底断绝东京城内东条樱机等人的所有幻想，让这座孤城真正陷入孤立无援的绝境；清剿任务完成后，所有轰炸机部队集结，携带大量燃烧汽油弹与白磷燃烧弹，对东京实施为期两天的饱和轰炸，以烈火摧毁东条樱机的防御工事，瓦解守军的抵抗意志，为后续总攻扫清障碍。
此时的泥轰帝国，除东京城内集结的两万一千余名兵力外，其余各地的残余军队已寥寥无几，且全部处于分散藏匿状态。经历前期的多轮打击，泥轰陆军、海军主力早已全军覆没，剩余的残部大多是溃败的散兵、失去指挥的小队，以及少量驻守偏远地区的警备部队，总计不足一万五千人，分散在苯詶岛中部、西部、北部，以及北海盗、氿詶岛等区域，装备极度匮乏，士气低落到了极点，大多已无心抵抗，只想藏匿起来躲避战火。
张圣龄深知，这些分散的残部虽不足以对新华军构成威胁，也无法驰援东京，但若是放任不管，待后续攻克东京后，这些残部可能会转变为游击队，袭扰新华军的补给线、屠杀不配合的平民，给后续的占领与治理带来隐患。因此，此次清剿任务，要求各部队精准定位、速战速决，既要彻底清除残寇，也要尽量减少泥轰平民的伤亡，毕竟这些人以后还要给自己当免费劳力，同时也兼顾清剿效率与民生保护。
根据部署，新华军将清剿部队分为五路，分别负责不同区域的清剿任务，各路部队协同作战、相互支援，确保无任何遗漏：第一路由陆军第7装甲师一部、第11步兵师一部组成，共计五千余人，由周卫国统一指挥，负责清剿苯詶岛中部地区的残余军队；第二路由陆军第15步兵师一部、海军陆战队一部组成，共计四千余人，由陈明远指挥，负责清剿苯詶岛西部地区的残余军队；第三路由陆军第9步兵师一部、第2机械化师一部组成，共计四千余人，由王浩指挥，负责清剿苯詶岛北部地区及北海盗南部的残余军队；第四路由海军第四航母战斗群搭配陆军一个加强团，共计三千余人，负责清剿氿詶岛、泗国岛的残余军队；第五路由陆军第5步兵师一部组成，共计两千余人，负责清剿东京周边的残余散兵，严防任何残部偷偷潜入东京，同时巩固对东京的包围态势。
10月12日傍晚，五路清剿部队同时出发，按照预定路线，朝着各自负责的清剿区域推进。此时的泥轰境内，道路大多已被新华军前期轰炸摧毁，不少城镇沦为废墟，乡村地区也一片荒芜，随处可见流离失所的平民，以及散落的武器、弹药与尸体，空气中弥漫着尘土、血腥味与绝望的气息。清剿部队推进过程中，严格遵循张圣龄的命令，对平民秋毫无犯，同时通过广播、传单等方式，向平民宣传新华军的正*策：只要不藏匿残寇、不抵抗，新华军将保障其生命与财产安全，待战乱结束后，将协助平民重建家园。
最先展开清剿战斗的，是负责苯詶岛中部地区的第一路部队。苯詶岛中部的冥骨巫、大版、京都等地，曾是泥轰帝国的核心区域，也是前期战斗的主战场之一，经过多轮轰炸与清剿，残余军队已分散藏匿在城市废墟、乡村据点及深山之中，总计约四千余人，其中大部分是陆军第12师团、第16师团的溃散士兵，还有少量京都守备军的残余人员，由几名中佐、少佐临时指挥，各自为战，没有统一的调度。
周卫国将第一路部队分为两个小队，一队由赵刚率领，负责清剿冥骨巫、大版周边的残部；另一队由自己亲自率领，负责清剿京都及周边的残部。赵刚率领的小队抵达冥骨巫近郊后，并没有急于发起进攻，而是先派遣侦察兵潜入市区，摸清残部的藏匿位置与兵力部署。侦察兵传回的情报显示，冥骨巫市区废墟中，藏匿着约一千两百余名残部，主要集中在市中心的旧正*府大楼、火车站废墟及周边居民区，装备有步枪、机枪、手榴弹等简易武器，依托废墟构建了临时防御工事，试图躲避新华军的清剿；大版周边的乡村据点中，藏匿着约八百余名残部，占据了几座废弃的村庄，挖掘战壕、设置路障，依靠抢夺平民的粮食维持生计，对平民极为残暴。
得知情报后，赵刚制定了“先清乡村、再攻市区”的战术，率先率领部队前往大版周边的乡村据点。10月13日清晨，部队抵达目标村庄附近，赵刚下令士兵们隐蔽推进，包围村庄，同时派遣一名翻译向村内喊话，劝降残余军队：“里面的泥轰士兵听着，你们已被新华军彻底包围，弹尽粮绝，无路可逃！新华军优待俘虏，只要你们放下武器、走出据点投降，我们将保证你们的生命安全，绝不伤害你们；若负隅顽抗，我们将发起猛攻，届时，你们将死无葬身之地！”
村内的残部指挥官是少佐山田伊狼，他本是陆军第16师团的一名军官，部队溃散后，带领残余士兵逃窜至此处，依靠抢夺平民的粮食维持生计，得知新华军劝降后，山田伊狼非但没有投降的意愿，反而下令士兵们加强防御，对着新华军喊话的方向猛烈射击，打伤了一名新华军侦察兵。“狂妄之徒！”赵刚震怒不已，当即下令发起进攻，“先用迫击炮轰击村内的防御工事，摧毁他们的火力点，再由步兵部队突入村内，逐户清剿，不留任何死角！”
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