整编过程持续了约半个时辰，当新的营旗在各队列前竖起，军官就位，全军重新肃立时，一种更加清晰、更加有力的脉搏，仿佛在这九千人的队伍中同步跳动起来。专业化分工带来的不是割裂，而是在统一指挥下更高效能的预期。
朱慈烺此时才上前一步，他的声音通过简单的铁皮喇叭，清晰地传到前列，再由军官逐级传至全军：
“将士们！今日整编，非为虚文！是要让我御营之刃，锻得更纯，淬得更利，锋芒所指，无坚不摧！”
他顿了顿，继续道：“有人或问，京畿方靖，为何如此急切整军？孤今日便告诉你们！西北流寇复炽，践踏乡土；关外建虏眈眈，亡我之心不死！大明山河，内外皆患！国家养兵千日，用在一时。而我御营，受国厚恩，享民膏饷，当此危难之际，正是我辈效死用命之时！”
他的话语激越起来：“整编，是为了更有效地杀敌！步战营，尔等当如山如岳，结阵则敌骑难撼，进攻则摧枯拉朽！骑射营，尔等当如风如火，侦敌于无形，击敌于不备！火器营，尔等当如雷如霆，炮火所向，糜烂数十里，让敌闻风丧胆！”
“各营各队，虽有专司，然御营一体，荣辱与共！平日操练，务必精熟战阵，通晓配合；临敌之际，更须互为犄角，生死相托！”
最后，他目光如炬，扫视全场：“练兵非为饰观，整军必求实用！自即日起，各营按新章操练，月考其技，季演其阵！赏罚分明，绝无姑息！孤与曹将军，将亲临校场，检阅督策！我要看到的，是一支随时能拉得出、冲得上、打得赢的真正虎贲！”
“御营威武！大明万胜！”曹变蛟适时振臂高呼。
“御营威武！大明万胜！”九千将士的怒吼汇聚成滚滚雷音，震得校场边枯树上的残雪簌簌落下，其声势之壮，信念之坚，远非昔日可比。
整编仪式后，庞大的训练机器即刻全速运转。
曹变蛟的职权与威望，在此次整编后达到了新的高度。他不仅是总兵官、太子太保，更是实际统御这支九千人新式军队的方面大将。朱慈烺赋予他极大的训练自主权，只把握大方向和资源支持。曹变蛟也彻底将御营视为毕生事业的新起点，竭尽所能。
他主持制定了极其详尽且严苛的训练章程。步战营每日操演阵型变换、兵种协同、火铳轮射，强调纪律与耐力；骑射营则驰骋于西苑外围更开阔的场地，练习马上射击、骑队冲锋、迂回包抄，要求人与马的契合达到如影随形；火器营除了常规的装填、瞄准、发射训练，更增加了火炮机动、阵地构建、不同弹种使用等复杂课目。
曹变蛟尤重实战演练。每隔旬日，便会组织步战营与骑射营进行对抗演武，有时是步阵防御骑冲，有时是步骑协同进攻预设阵地。虽用未装弹头的训练铳、包布木刀，但冲撞搏杀极为逼真，常有士兵“挂彩”。火器营也会参与，发射空包药或减装药，模拟火力支援。每次演武结束，无论胜败，曹变蛟必召集所有把总以上军官，进行长时间复盘，分析得失，改进战法。
赵铁柱的教导队同样忙碌。他们不仅要负责三千新兵从队列、体能到兵械的基础训练，将其尽快打磨成合格的战兵，输送到各营；还要按照朱慈烺的要求，专门开设“剿寇战术研讨”。赵铁柱将自己和部下在流动中所见所闻的流寇战法——诸如伏击、诈败、诱敌、夜袭、裹挟民众等等——逐一剖析，并组织军官们讨论应对之策。他们还利用沙盘（朱慈烺引入的简易沙盘推演），模拟陕西、河南等地形，进行剿寇想定作业。这些看似“务虚”的工作，却潜移默化地提升着军官们的战术素养。
李嗣京的“工辎营”则确保了这一切高强度训练的后勤。他们修缮扩大了营房，保障每日足额的伙食（虽不精美，但管饱），维护保养着大量的军械马匹。蜂窝煤的利润开始稳定反哺，使得御营的伙食中偶尔能见荤腥，被服也能按时补充，这极大地稳定了军心。
朱慈烺的身影，频繁出现在校场、工坊、乃至火器试射场。他不再仅仅是一个高高在上的象征，而是深入的观察者、倾听者和裁决者。他会蹲在步战营的队伍旁，看士兵们练习铳刺动作，指出细微的瑕疵；他会与火器营的炮手讨论不同装药量对射程和精度的影响；他会查看教导队的沙盘推演，并提出尖锐的问题。
他对曹变蛟的支持是全方位的，但遇到分歧时也坚持原则。例如，曹变蛟起初认为新兵火铳训练耗费火药太多，主张减少实弹射击，多练姿势。朱慈烺却坚持：“火铳之要，首在胆气，次在熟练。不见硝烟，不闻轰鸣，不体会后坐，终是纸上谈兵。火药可‘商务局’再筹，胆气与手感，非实弹不能练就。”最终曹变蛟被说服，加大了实弹训练比例。
整编与系统化操练的效果，在春风渐暖的时节逐渐显现。各营配合日渐默契，号令传递更加迅捷，士兵们的个人技艺与协同意识稳步提升。那支曾经依靠血勇和少数骨干苦撑的“试验部队”，正在褪去青涩，向着装备相对精良、训练有素、编制科学、后勤初具保障的“正规军”坚实迈进。
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