接着说这萧何，在陈胜、吴广起义的影响下，许多地方官吏也感到秦的暴政不能长久，于是也纷纷反叛朝廷，归附义军，保全自己。
萧何任职的沛县与蕲州相近，沛县县令眼看烽火遍地，深怕丢了脑袋。于是找来萧何、曹参等人，秘商起兵之事。萧何建议道：“你是秦朝官吏，沛县百姓恐难听你的话，欲图大事，非把逃亡的豪杰请回来不可。如此一来，沛县自可安如泰山了。”
县令同意，于是便派刘邦的妻妹吕须之夫樊哙去芒砀山找回刘邦，共同起义。刘邦欣然应允，立即率众奔沛县而来。不料，县令反悔，将刘邦拒之城外，并想诛杀萧何等人。
这种情况下，萧何、曹参非常恐惧，越城逃到刘邦处。随后，刘邦在帛上写了一封告沛县父老书，用箭射入城内。书中说：“天下百姓共同忍受秦苛政之苦已经很久了，如今父老兄弟们却在为县令守城。天下诸侯并起，马上就要攻破沛县城池了。
如果沛城的百姓现在起来诛杀县令，响应诸侯，则家室能得以保全。否则，父子都将白白地惨遭杀戮。”沛县百姓看了刘邦的信，就聚集起来杀了县令，打开城门迎接刘邦。
刘邦入城后，召集沛城父老共商大计。大家都推举刘邦为县令，背秦自立。刘邦却推辞道：“现今天下纷扰，诸侯并起，沛令一席自应选择全县最有声望之人。我并非自爱，实因德薄能鲜，误己事小，倘若误了全城父老，那就百死莫赎，还是快快另选贤能，以图大事吧。”
萧何、曹参都是文吏，担心其身家性命，深恐举事不成，被秦朝诛灭九族，就竭力推举刘邦。沛县父老也说卜筮后刘邦最吉，都拥戴刘邦。
刘邦多次推辞都被拒绝，最后只好应诺。于是，他们便在县衙大堂举行了仪式，誓师起事，并按楚国旧制，称刘邦为“沛公”。萧何在其中设有“占问之计”；后世就此还演绎萧何让刘邦有抓阄的故事。
项梁叔侄杀了会稽郡守殷通，举起义旗。不久，便召集了二十余万兵马，拥立楚王第十二皇孙十三岁的熊心为王，并与刘邦所部会于薛城。
众将约定：项羽北向救赵，解巨鹿之围后，从北路向西攻秦，刘邦从南路西进向关中进发。两路人马在击败秦军后，谁先入秦都咸阳，谁当关中王。
刘邦率军勇往直前，凭靠张良等人的谋划，避实就虚，剿抚并用，一路夺关斩将，直抵关中。萧何身为丞督，坐镇地方，督办军队的后勤供应。
刘邦率大军兵临咸阳城。秦王子婴设计杀了奸相赵高，献出玉玺，向刘邦投降。于是，起义大军开进咸阳城。将士们见秦都宫殿巍峨，街市繁华，顿时忘乎所以，纷纷乘乱抢掠金银财物，连沛公也忍不住，趁着空闲，跑到秦宫去东张西望。
他看见华丽的宫室，古怪的摆设，成堆的金银珠宝，猎狗骏马，珍奇玩物，还有一群群的美女，不觉眼花缭乱，飘飘然起来，甚至贪恋秦宫的富贵而不忍离开。
突然，大将樊哙破门而入，大声说道：“沛公想取天下，还是想当富家翁？这些奢华之物，正是秦亡的祸根。切勿迷恋于此！”与此同时，张良等人也来陈述利害，刘邦这才幡然自悟当下命兵士查封皇宫府库，然后率众将士返回灞上。
惟独萧何，进入咸阳后，一不贪恋金银财物，二不迷恋美女，却急如星火地赶往秦丞相御史府，并派士兵迅速包围丞相御史府不准任何人出入。然后让忠实可靠的人将秦朝有户籍、地形、法令等图书档案一一进行清查，分门别类，登记造册，统统收藏起来，留待日后查用。
因为，依据秦朝的典制，丞相辅佐天子，处理国家大事；御史大夫对外监督各郡御史，对内接受公卿奏事。除了军权外，丞相和御史大夫几乎总揽一切朝政。萧何做官多年，当然知道这些。对此，全军上下无不佩服，刘邦在惭愧之余，说：“萧何确是异才，不枉我提拔他一场。”
萧何收藏的这些秦朝的律令图书档案，使刘邦对天下的关塞险要、户口多寡、强弱形势、风俗民情等等了如指掌，为制定正确的方针政策和律令制度找到了可靠的根据这也足见萧何的深谋远虑。
刘邦率先攻入咸阳并背弃原来的约定，改立刘邦为汉王，辖治荒远偏僻的巴、蜀、汉中之地，建都南郑。为了阻止刘邦东进，项羽又把关中地区一分为三，分封给了三个秦朝降将——雍王章邯、翟王董翳、塞王司马欣。
刘邦看出了项羽的险恶用心，憋了一肚子气，有心与项羽决一死战，怎奈势单力薄，实难取胜。只好采纳萧何、张良等人的建议，隐忍入蜀，休兵养士，广招人才，待机再与项羽争个高低。
四月，各路诸侯各自领兵回到自己的封地。刘邦按张良的计谋，偃旗息鼓，人不解甲，马不停蹄，急匆匆地向巴蜀进发。一路上，许多来自其他诸侯王军中的兵士自愿投到刘邦的旗下，韩信就是在这个时候从楚营中逃出，投奔刘邦。
韩信原是项羽的部下，他有勇有谋，是天下无双的军事家。但在项羽手下却得不到重用，于是就投到刘邦麾下。起初，刘邦让他当了一个管理粮草的小官，韩信大失所望。一次偶然的机会，萧何结识了韩信。
在接触过程中，萧何发现韩信有胆有识，是个不可多得的人才，于是多次向刘邦推荐，但并没有引起刘邦的重视。
转眼间两个多月过去了。汉军将士不愿在蜀中久驻，思念家乡，开小差的人也越来越多。一天，韩信见久在汉营仍不受重用，一气之下离开了汉营。
萧何得知后，马上放下尚没处理完的紧急公务，亲自策马追赶韩信，连个招呼也来不及向刘邦打。刘邦正为军中开小差的人日益增多而焦急，忽然有军吏来报告说：“萧丞相也跑了。”刘邦一听大惊失色，说：“这还了得！我正要与他商议军中大事，怎么他也逃走了！”当下派人去找萧何。
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