与可以呆在后方的医疗忍者不同，封印术忍者必须冲在战斗的最前方，在其他同伴们击败秽土转生的敌人之时，及时的把被打败的敌人封印起来，封印部队要面对的是最危险的战斗。
数量庞大的忍者联军被划分为了数个部分。
首先是作为指挥中枢的总部，以空忍的空中堡垒城市为基地，其留守的人员集中了联军最顶尖的战力，纲手，赤砂之蝎，雷影艾，照美冥，我爱罗，山椒鱼半藏，小南，弥彦，前三代目土影大野木，还有迪达拉。这些强大的忍者他们不参与忍者们战斗任务，而是时刻保留着完好的状态，严阵以待最难缠的敌人。虽然这有些浪费这些强大忍者的战力，但这无疑是最合适也最稳妥的安排。
影级强者多达十位，顶级战力是原着的两倍。迪达拉是名义上联军的总统帅，稚嫩的他代表的是上原。
感知联队以数百名最精锐的感知忍者组成感知的为核心，作为指挥中枢的构成部分，他们同样留守中枢。感知联队负责充当联军的眼睛，探查战场的态势和发现危险的查克拉源，并联系作战部队的感知忍者，通过感知忍术向联军下达实时命令。
感知部队的队长是雾隐村拥有白眼的忍者青，副手为老一代的猪鹿蝶中的山中亥一，岩隐的情报部长猚，以及匠忍村的一众忍者。匠忍们更像一些技术人员，负责时刻维持复杂的感知和通讯忍具的良好运转。
大量的侦查舰，信号中枢，中继站，大量的无人侦查机雨点一般撒了出去……科学忍具鼓捣出的黑科技组成了与忍者们迥异的情报体系，使联军的情报能力更加全面和立体。
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