赔款本来就没怎么往死里宰日本人，王孚和龚橙当然寸步不让，井上正直苦苦哀求，好不容易才求得王孚和龚橙大发慈悲，答应让日本幕府分三年支付赔款。然后因为还要涉及与吴军签订准军事同盟的缘故，井上正直也没敢直接做主签字，仅仅只是与王孚仔细商议了联手镇压日本尊王派的具体细节，写成文字带回江户城，交给德川家茂请示能否签字履行。
和井上正直一样，德川家茂开始也是打死都不相信吴军会以条约形式承诺保证他的日本土皇帝宝座，然而在听取了井上正直转述的吴军答复了，又仔细研究条约细节发现吴军没玩什么花样，不象是准备借着镇压尊王派的旗号吞并日本，德川家茂这才将信将疑的向在场的幕府众臣问道：“清国的镇南王，对我们日本的幕府真就这么好？不但不想要我们的土地，还想帮我们幕府延续千秋万代？”
没有人敢给德川家茂打这个保票，但也没有人开口反对接受吴超越的这份好意，再加上井上正直又如实交代了关于沙俄的事，让德川家茂知道吴军还帮着日本保全了领土岛屿，所以德川家茂犹豫了许久后，还是下定了决心，点头说道：“好吧，签吧，先过了这一关，以后的事，等以后再说。”
就这样，虽然沙俄领事比罗夫斯基又悄悄找到日本幕府，极力怂恿日本幕府拒绝签字，继续和吴军打下去，还承诺为日本幕府提供军事援助。然而已经见识过沙俄贪婪胃口的德川家茂还是谢绝了比罗夫斯基的好意，第二天就让井上正直在中日友好条约上签了字，立即着手准备赔款的同时，也顺带着被动的与吴军建立了镇压日本尊王攘夷派的准军事同盟。
其实不要说是日本人和其他西方列强看不懂吴军建立这一联盟的目的，就连王孚和龚橙等吴军文武都不明白吴超越为什么要坚持建立这么一个占不了任何便宜的准军事同盟，只有穿越者吴超越才真正明白这一条约的重要性，也只有吴超越才明白自己这么做的真正目的。
条约签订之后没过多久，日本尊王攘夷派的激进代表长州藩就树起了反旗，公然喊出推翻日本幕府的口号，并策动日本天皇下诏攘夷，废除一切涉外条约，还直接出兵京都，试图迎出日本天皇掌权。不甘心交出大权的日本幕府除了立即出兵镇压外，又尝试着向吴军派驻日本的大将李秀成求援，李秀成以两条缴获得来的日本蒸汽炮船为海上主力，立即出兵攻打目前叫做下关的长州藩军事重镇马关城，一番激战下来，守卫下关的长州藩大将高衫晋作被吴军打死，前后受敌的长州藩被迫投降。
事后，吴军又遵照条约约定，收到日本幕府的要求后就马上退兵返回萨摩藩，日本幕府上下大喜，也是马上按照约定支付吴军军费和阵亡将士的抚恤金，对吴军敌意大减，好感大生。然后在一年不到的时间里，吴军又先后两次出兵帮助日本幕府镇压倒幕派，残酷屠杀无数试图摆脱幕府统治的日本维新志士，日本倒幕派因此元气大伤，和满清朝廷一样昏庸黑暗的日本幕府则得以苟延残喘，继续维持腐朽落后的封建统治，日本则陷入长年内耗混战，倒幕维新永远变成了一句空话，吴军也因此永远驻军日本，永远成为了勒在日本脖子上的一道绞索，让日本的发展前途永远看不到一丝光明。
这一点，才是吴超越的真正目的。
以后的事只能等以后再细说，还是回过头来看吴军与日本幕府正式缔和之后的情况，条约签订后，元气尚存的日本幕府很快就想方设法的筹集到了首笔赔款，按时支付给了吴军远征舰队。结果也恰好是在同一天，留守萨摩藩的李秀成也派人送来喜讯，说是在萨摩藩军民帮助下，已经成功抓获了从伊敷别院逃走的萨摩藩国父岛津久光。王孚闻报十分欢喜，开心笑道：“好，总算是把镇南王交代的差使全部办完了，这下子可以昂着头回去了。”
“可惜没能好好打几仗。”好战份子黄远豹长吁短叹，无比遗憾的说道：“亏我们还带来了那么多武器弹药，居然连一次万人规模的会战都没打，事情就已经完了。”
“行了，能这么快把事情办完，已经不错了。”王孚微笑责备道：“难道你不知道，我们这一仗是向洋人借了外债才有钱打的？节约下来的武器弹药，带回去给镇南王打乱党、捻子和西北乱贼不是更好，何必一定要用在日本？”
急着和同胞大哥一样当上军团长的黄远豹还是万分遗憾，然而就在这个时候，负责谍报工作的湖北情报局随军官员张开平却突然来到了王孚的面前，奏道：“禀王军门，刚通过日本商船收到的未经证实消息，镇南王已经派遣军队北上攻打山海关，准备发起收复东北的战事。”
“收复东北？”王孚一楞，惊讶说道：“消息准不准确？现在已经是秋天了，这个时候出兵东北，对我们很不利啊？”
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