几乎同时，朝堂之上，关于财政的争论再起。黄河新桥虽成，但耗资巨大，远超预算。其他“驰铁”路段的复工、新军换装、火器研发、以及南洋船队、各地新式工坊的扶持补贴，都需要海量资金。尽管工商税收有所增长，“民股”吸纳了部分民间资本，但国库依然捉襟见肘。
户部在九月中旬的一份奏疏中直言：“今岁各项新政支出，预计将超八百万两，而岁入增量及‘民股’等项，仅能填补半数。国库旧存已近枯竭，若再无新财源，或压缩开支，恐至冬春，将难以为继。”
一些官员趁机发难，指责新政“好大喜功”、“虚耗国帑”，要求暂停或削减非紧要项目，尤其是耗资巨大的火器研发和远洋勘探。甚至有人旧事重提，暗示“民股”有“与民争利”、“风险转嫁”之嫌。
而在技术层面，宋礼也遇到了新的瓶颈。大马士革钢的锻造奥秘难以在短期内破解，“甲四号”钢的性能提升遇到天花板。火器精研所对线膛火铳的仿制，在解决了部分工艺问题后，又卡在了适配的高爆速火药研发上，试验中多次出现炸膛事故，进度缓慢。新式的颗粒火药虽然威力有所提升，但储存稳定性、防潮性能，仍不如理想的“惊雷子”配方（虽然危险）。
更棘手的问题来自基层。新政在推行过程中，不可避免地出现了“歪嘴和尚念错经”的情况。个别地方官员为了政绩，强行摊派“民股”认购，或强迫农户将田地改种所谓“经济作物”，导致民怨；一些商人利用新政的优惠和监管空白，进行垄断、投机甚至欺诈；新旧产业交替中，部分失业手工业者的安置和再就业，也出现了疏漏和矛盾，在湖广某地，甚至发生了小规模的机户捣毁新式织机的事件。
这些负面消息，被反对新政的势力有意收集、放大，通过种种渠道散播，与《辟异端疏》的舆论攻势相互呼应，形成了一股不小的“寒流”，试图冷却甚至逆转新政的势头。
三、 砥柱中流：监国的应对与破局
面对扑面而来的寒流与暗礁，朱雄英没有慌乱，反而展现出愈发沉稳的掌控力。
对于《辟异端疏》引发的思想论战，他并未直接下旨驳斥或支持任何一方，而是做出了一个出乎所有人意料的决定。
九月下旬，他下旨，命翰林院牵头，于南京紫金山麓的“观象台”旁，新建一座“辩理堂”。并公告天下，定于十月十五，在此举办一场“儒格之辩”。特邀邹守益等《辟异端疏》联署者代表，与徐光启为首的“格致派”代表，进行公开辩论。议题不限，可论华夷，可辨道器，可析义利，可究天人。允士子百姓旁听，《大明公报》全程记录刊载。
“真理越辩越明，大道不辩不清。是非曲直，当付公论。”旨意中如是说。
这一招，将思想领域的争斗，从暗处的攻讦和奏疏往来，拉到了阳光下的公开讲台。既是自信的体现，也是对徐光启等人的有力支持，更将评判权，部分交给了天下士民。
对于财政压力，朱雄英的应对更为务实和凌厉。
他首先召见了沈万三和江南几位支持新政的巨商。“朝廷新政，与诸位利益攸关。如今一时困顿，需民间资本鼎力相助。孤有意，发行第三期‘建设国债’，专用于‘驰铁’后续路段及新式工坊扶持，年息一分八厘，以海关未来五年新增税收为抵押担保。同时，鼓励有实力的商社，以‘官督商办’或‘特许专营’方式，参与边疆榷场、重要矿产、乃至海外商站开发。朝廷可提供保护、便利及部分初始资金。”
这是将国家信用与商业利益更深地捆绑，也是开辟新的财源。沈万三等人敏锐地看到了其中巨大的商机（尤其是海外部分），当即表示愿意带头认购国债并研究投资方案。
其次，朱雄英对户部的奏疏做出了严厉批示：“理财之道，重在开源节流，尤在惩贪剔弊！着都察院、刑部、户部，即日起联合对近三年来所有重大工程款项、新式工坊补贴、关税减免等进行专项审计！凡查实贪墨、挪用、虚报者，无论官职大小，严惩不贷，追缴赃款，充入国库！同时，压缩宫廷用度，削减不必要的赏赐、工程，以做表率！”
这是一场针对官僚系统内部的“廉政风暴”，既能挽回部分损失，震慑贪腐，也能回应“虚耗国帑”的指责，争取民意。
对于技术瓶颈和基层矛盾，朱雄英的批示则显得耐心而具体。
给宋礼：“火器研发，安全第一，宁可慢，不可滥。可集中力量，先攻克颗粒火药稳定性及简易线膛工艺，不求完美，但求稳定可用。大马士革钢之秘，可长期研究，勿急于求成。匠人之奖赏激励，需及时落实。”
给各地督抚：“新政推行，需因地制宜，循序渐进，不可强压硬推。务必妥善安置受冲击之百姓，可引导其转入新式工坊、驰铁工程、或组织学习新技能。凡有地方官借新政之名行害民之实者，立劾拿问！工商之事，当鼓励竞争，防止垄断，朝廷将制定《商律》细则，规范市场。”
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