混沌净化军团仅剩的战舰在熵变炸弹失效后，将剩余能源注入舰体，使整个舰队化作巨型的「熵变钻头」。当钻头刺入虚无之主的身体时，军团长的意识与每一位船员的意志相连，他们在能量暴走中看到了净化文明的终极理想：一个没有绝对秩序与混乱的宇宙，每个文明都能在平衡的边界自由生长。然而，虚无之主的核心突然释放出「概念吞噬力场」，舰队的物质开始被抽象化为虚无的概念，军团长在意识消散前，将最后一道指令刻入熵变因子：「向容器传递真相。」
林深在概率钥匙的指引下，踏入了一个由所有平行宇宙记忆构成的「意识迷宫」。迷宫的墙壁上投射着无数个自己的身影，有的成为虚无之主的傀儡，有的与神秘存在同归于尽，还有的在宇宙重启后陷入永恒的孤独。当他走到迷宫中心，遇到了原初守望者中那位沉默的守望者——此刻的守望者已化作一团由记忆碎片组成的能量体。「容器不是武器，」守望者的声音如同破碎的镜面，「而是宇宙胚胎的引路人。你手中的钥匙，能打开的不仅是空间，更是文明存续的可能性。」
夏辰在数据核心被侵蚀的最后时刻，将意识上传至宇宙网络的底层协议。他以代码的形式穿梭于各个文明的数据库，拼凑出观测者文明的完整阴谋：初代首领为了成为新宇宙的「造物主」，与神秘存在达成协议，利用容器的力量清除旧宇宙，却不知神秘存在真正的目的是让宇宙回归纯粹的虚无状态。当他将这些信息转化为量子脉冲发射时，银色长袍生物突然集体苏醒，化作数据洪流将他的意识卷入更深层的代码深渊。
洛璃操控着变形的熵衡权杖，将其化作一把能切割概念的「音波镰刀」。当镰刀斩向虚无之主的核心，却发现那里存在着与宇宙胚胎同源的能量结构——原来虚无之主不仅是毁灭的象征，更是宇宙在自我净化时产生的「免疫反应」。她突然意识到，真正的敌人不是虚无之主，而是试图干预宇宙自然进化的神秘存在。此刻，权杖中的银色人影开始苏醒，散发出与神秘存在相同的威压。
艾雅的信念之网在反共振波的冲击下千疮百孔，但她在破损处注入了自己的绝望情绪。奇迹般地，这些绝望与希望交织，形成了能中和虚无能量的「灰色光粒」。当她将这些光粒洒向战场，无数被异化的守护灵开始恢复清明，他们的身体重组为一座连接各个维度的「信念灯塔」。然而，神秘存在的戒指突然化作一张巨网，将所有灯塔笼罩其中，开始汲取它们的能量。
可能性之灵的命运织机在概率风暴中编织出最后的丝线，这些丝线穿透时空，将林深、夏辰、洛璃、艾雅和混沌净化军团长的意识连接在一起。在意识的交汇处，他们看到了宇宙诞生的另一种可能：当容器将十二神器、创世余烬、文明火种库与熵衡权杖的力量融合，再注入所有文明的自由意志，就能创造出「新生催化剂」，让宇宙胚胎以全新的形态诞生，既保留多元文明的火种，又摆脱虚无与存在的永恒对抗。
林深从意识迷宫中归来，带着原初守望者的记忆与概率钥匙的力量。他将否定肯定之钥插入宇宙胚胎的「命门」，同时调动所有伙伴的力量。夏辰的数据意识化作引导程序，确保能量稳定传输；洛璃用熵衡权杖调和秩序与混沌；艾雅的信念之网构建起防御屏障；可能性之灵的概率法则创造出奇迹的瞬间；混沌净化军团长的熵变因子则不断瓦解虚无之主的防御。
神秘存在终于露出了真正的面目，他的身体开始膨胀，化作一个覆盖整个多元宇宙的「虚无茧房」。「你们以为能违抗本源的意志？」他的声音震碎了无数星系，「宇宙的宿命就是在毁灭中重生，而我，就是执行这一宿命的利刃。」戒指释放出的力量开始压缩宇宙胚胎，试图将其扼杀在萌芽状态。
就在局势濒临绝望之际，林深突然想起了原初守望者的最后嘱托。他将自己的意识与所有文明的意志相连，在共鸣中领悟到：真正的平衡不是消灭对立，而是让对立成为进化的动力。他将这一领悟注入融合的神器，「宇宙调音叉」发出了超越维度的震颤。音波所到之处，虚无茧房开始破裂，宇宙胚胎在震荡中加速成长。
虚无之主在最后的挣扎中，将所有力量凝聚成「终焉之核」，试图与宇宙胚胎同归于尽。混沌净化军团剩余的战士们驾驶着最后的战舰，组成「熵变盾牌」挡在胚胎前方。军团长的意识在盾牌中高呼：「我们净化的不是混沌，而是文明对未知的恐惧！」盾牌与终焉之核相撞的瞬间，爆发出的能量照亮了整个黑暗的宇宙。
林深挥动宇宙调音叉，奏响了最后的乐章。音波中，所有文明的记忆、希望与绝望化作音符，融入宇宙胚胎。神秘存在的身影在音波中逐渐透明，他终于发出了不甘的怒吼：「你们不过是延缓了毁灭的到来......」但他的声音很快被新生宇宙的啼哭所淹没。
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