当菲利普一世仍然留在西里西亚时，安条克十一世于公元前93年初向安条克进军，并将安条克十世赶出了这座城市。
菲利普一世没有住在叙利亚大都市，且将安条克作为首都交给了安条克十一世。
到了公元前93年秋，安条克十世重新集结力量并击败了安条克十一世，后者在奥龙特斯河（Orontes）中溺水身亡。
历史学家约瑟夫（Josephus）只提到安条克十一世参与了这场战斗，但优西比乌斯（Eusebius）则写道，菲利普一世也在场。
贝林格（Bellinger）认为，菲利普一世的军队参与了战斗，但他自己留在了基地，因为只有安条克十一世被杀。
战败后，菲利普一世被认为撤退到了他的首都，这个首都可能与他和兄弟最初准备为塞琉古六世复仇时的基地相同。
最终，安条克十世控制了西里西亚，而菲利普一世将贝罗亚（Beroea）作为他的基地。
德米特里三世·尤卡鲁斯（Demetrius III Eucaerus）在公元前93年的战斗中北上支持安条克十一世，他显然在与安条克十世的斗争中支持了菲利普一世。
优西比乌斯写道，菲利普一世于公元前93/92年击败了安条克十世，取代了他的位置。
然而，优西比乌斯并未提到安条克十一世的统治，也没有提到德米特里三世。
这一说法与考古证据相矛盾，考古证据包括一块属于安条克十世的92年的市场文物，且包含事实错误。
英国牧师兼钱币学家埃德加·罗杰斯（Edgar Rogers）认为，菲利普一世在安条克十一世之后立即统治安条克，但有关于菲利普一世在安条克十世和德米特里三世去世之前控制安条克的建议可以被排除。
这些建议与钱币学证据相冲突，而且没有任何古代文献声称德米特里三世——实际上是继承安条克十世的安条克的统治——需要将菲利普一世赶出这座城市。
无论如何，安条克十世在公元前92年后从历史记载中消失，但他直到公元前89/88年才去世。
他可能在与帕提亚（Parthia）的战斗中阵亡。
趁着安条克十世去世，德米特里三世急忙占领了安条克，因此与菲利普一世断绝了同盟。
当大部分叙利亚落入德米特里三世之手时，菲利普一世退回到了他的基地。
公元前88年，德米特里三世向贝罗亚（Beroea）进军，与菲利普一世进行最后的决战。
为了解除围困，菲利普一世的盟友贝罗亚的统治者斯特拉顿（Straton）向阿拉伯首领阿齐兹（Aziz）和帕提亚总督米特里达梯·西纳克斯（Mithridates Sinaces）求援。
盟军击败了德米特里三世，并将他囚禁在帕提亚。
安条克的公民被释放，不用缴纳赎金，这一举动缓解了菲利普一世占领安条克的局面。
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战斗后不久，公元前88年末或公元前87年初，菲利普一世进入了叙利亚首都，并控制了科勒-叙利亚（Coele-Syria）地区。
他面临着补充空虚国库的迫切需求，以重建因多年内战而破坏的国家，并防范可能出现的新王位竞争者。
这些因素，加上菲利普一世的前任——安条克十世·西兹塞努斯（Antiochus X Cyzicenus）和德米特里三世·尤卡鲁斯（Demetrius III Eucaerus）在安条克（Antioch）期间所使用的年度铸币模具估算相较于晚期塞琉古王朝国王的总铸币模具估算较低，使得钱币学家奥利弗·D·胡佛（Oliver D. Hoover）提出，菲利普一世可能只是重新铸造了前任的硬币，并调整了铸模。
这样一来，铸币上便刻上了菲利普一世的头像，且每枚硬币的重量从标准的1600克（56盎司）减少到了1565克（55.2盎司）。
每次重新铸造旧硬币便可获得了半个欧博的利润。
然而，菲利普一世的主要目的并非盈利，他更可能是想用印有自己头像的硬币支付部队，而不是使用对手的硬币。
重新铸币也是必要的，因为菲利普一世的硬币重量减少，国王需要通过将对手的更重硬币从流通中淘汰来强制推行自己的货币。
菲利普一世采用了新的塞琉古纪年法，该纪年法的起始点为安条克八世·费拉德尔菲斯（Antiochus VIII Philadelphus）从阿斯潘多斯（Aspendos）流放归来时的公元前113/112年。
老的塞琉古纪年则起始于公元前312/311年。
菲利普一世的王位并不稳固：克利奥帕特拉·提亚（Cleopatra Thea）与她的儿子安条克十三世（Antiochus XIII，安条克十世之子），藏匿于叙利亚，等待重新夺回王位的机会。
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